小生这厢有礼了(BioFaceBook Personal Blog)

https://guangchuangyu.github.io/2014/04/chipseeker-for-chip-peak-annotation/

ChIPpeakAnno WAS the only R package for ChIP peak annotation. I used it for annotating peak in my recent study.

I found it does not consider the strand information of genes. I reported the bug to the authors, but they are reluctant to change.

So I decided to develop my own package, ChIPseeker, and […]

getting started with Bowtie 2: Lambda phage example-从这里开始使用Bowtie2：λ噬菌体的例子

Bowtie2自带了一些入门级的示例文件，这些示例文件并不具有科学含义，我们用λ噬菌体的参考基因组只是因为它很短，并且例子里面的reads是由一个电脑程序生成的而不是测序的结果。但是，这些文件能让你立即开始运行Bowtie2和下游的程序。

首先按照获取Bowtie2的指导下载它。设置Bowtie2环境变量BT2_HOME，把它指向含有bowtie2, bowtie2-build和bowtie2-inspect二进制文件的新Bowtie2的文件夹。这一步很重要，因为在下面的命令当中，变量BT2_HOME被用来代表那个文件夹的位置。

Indexing a reference genome-对参考基因组建立索引

为了对Bowtie2内置的λ噬菌体的参考基因组建索引，先新建一个临时文件夹（建在哪里无所谓），进入那个文件夹，然后运行：

$BT2_HOME/bowtie2-build $BT2_HOME/example/reference/lambda_virus.fa lambda_virus

这条命令在结束前应该会打印很多行输出。当其运行完毕时，当前文件夹会产生4个新的文件，它们的文件名都以lambda_virus开始，分别以.1.bt2, .2.bt2, .3.bt2, .4.bt2, .rev.1.bt2和.rev.2.bt2结束。这些文件构成了索引——你完成了！

你可以使用bowtie2-build对一组任意来源的FASTA文件构建索引，包括像UCSC，NCBI，和Ensembl这些站点。当对多个FASTA文件建立索引时，你要在指定所有的文件，并用逗号隔开。更多关于如何用bowtie2-build建立索引的信息，请查看使用手册的建立索引部分。你可能也会直接获取一个已经建好的索引，从而绕过这一步。使用已建好的索引给出了例子。

Aligning example reads-比对示例reads

在上一步创建的文件夹中，现在含有lambda_virus的索引文件。接下来，运行：

$BT2_HOME/bowtie2 -x lambda_virus -U $BT2_HOME/example/reads/reads_1.fq -S eg1.sam

这个命令会运行Bowtie2的比对软件，它会使用上一步建立的索引，把一组非双端测序的reads比对到λ噬菌体的参考基因组上。这步比对的结果是SAM格式的，输出文件是eg1.sam，同时比对的总结会被输出到终端控制台。（事实上，总结是被写进了“standard error” 或 “stderr”，即标准错误句柄里面，通常它会被输出到终端。）

要查看SAM结果的前几行，运行：

head eg1.sam

你会看到类似于下面的东西：

@HD VN:1.0 SO:unsorted @SQ SN:gi|9626243|ref|NC_001416.1| LN:48502 @PG ID:bowtie2 PN:bowtie2 VN:2.0.1 r1 […]

getfasta

bedtools getfasta extracts sequences from a FASTA file for each of the intervals defined in a BED/GFF/VCF file.

Tip

1. The headers in the input FASTA file must exactly match the chromosome column in the BED file.

2. You can use the UNIX fold command to set the line width of […]