KEGG的独创使用经验分享

KEGG，Kyoto encyclopedia of Genes and Genomes ，不多说。   KEGG的数据 KEGG中的pathway是根据相关知识手绘的,这里的手绘的意思可能是指人工以特定的语言格式来确定通路各组件的联系；基因组信息主要是从NCBI等数据库中得到的，除了有完整的基因序列外，还有没完成的草图；另外KEGG中有一个“专有名词”KO（KEGG Orthology），它是蛋白质（酶）的一个分类体系，序列高度相似，并且在同一条通路上有相似功能的蛋白质被归为一组，然后打上KO（或K）标签。下面就首先来讲一下KEGG orthology。 任找一个代谢[……]

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November 30th, 2012 | Tags: | Category: 生物信息 | Leave a comment

Python 字符串操作（string替换、删除、截取、复制、连接、比较、查找、包含、大小写转换、分割等

Python 字符串操作（string替换、删除、截取、复制、连接、比较、查找、包含、大小写转换、分割等）
s.strip() .lstrip() .rstrip(',') 去空格及特殊符号

复制字符串

Python

1 #strcpy(sStr1,sStr2)
2 sStr1 = 'strcpy'
3 sStr2 = sStr1
4 sStr1 = 'strcpy2'
5 print sStr2

连[……]

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November 30th, 2012 | Tags: | Category: 脚本语言 | Leave a comment

Batch download sequences from uniprot based on protein names

Ok, I’ll do mine in English:

  1. go to UniProt.org.
  2. click tab “retrieve”
  3. Paste list into text box. Click Retrieve button.
  4. On results page, click FASTA download [ Download (30 KB*) | Open ] (Or you could click open just to have a look).

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November 28th, 2012 | Tags: , , | Category: 生物信息 | Leave a comment