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ssh, scp and rsync

[Admin.DESKTOP-7JT504C] ➤ rsync -P –rsh=ssh /drives/d/Kraken_12.tar.gz cityu_jhli_1@172.16.22.11:/BIGDATA1/cityu_jhli_1/mhyleung/database/findfungi Warning: Permanently added ‘172.16.22.11’ (RSA) to the list of known hosts.

rsync -P -avz -e “ssh -p5566 -i /drives/C/Users/Admin/Desktop/cityu_jhli_1.id” /drives/d/Kraken_12.tar.gz cityu_jhli_1@172.16.22.11:/BIGDATA1/cityu_jhli_1/mhyleung/database/findfungi

[Admin.DESKTOP-7JT504C] ➤ scp -P 5566 -i /drives/C/Users/Admin/Desktop/cityu_jhli_1.id -r /drives/d/Kraken_12.tar.gz cityu_jhli_1@172.16.22.11:/BIGDATA1/cityu_jhli_1/mhyleung/database/findfungi

ssh -p5566 -i /drives/C/Users/Admin/Desktop/cityu_jhli_1.id cityu_jhli_1@172.16.22.11

ClinVAP: A reporting strategy from variants to therapeutic options

https://academic.oup.com/bioinformatics/advance-article/doi/10.1093/bioinformatics/btz924/5674039

ClinVAP: A reporting strategy from variants to therapeutic options

Abstract Motivation

Next-generation sequencing (NGS) has become routine in oncology and opens up new avenues of therapies, particularly in personalized oncology setting. An increasing number of cases also implies a need for a more robust, automated, and reproducible processing of long lists of […]

dictionary to csv

#!/usr/bin/env python import os,re,sys,string,commands,getopt,subprocess,glob,csv import prettytable as pt from os import path #SL335752_kneaddata_paired_1_kneaddata_paired_1.fastq.gz_rep.mpa.txt_bracken.txt #SL311013_1_kneaddata_paired_1_kneaddata_paired_1.fastq.gz_rep_mpa.txt_bracken.txt def main(): dic = {} unique_speciesname = [] speciesname = [] samplenames = [] for d in os.listdir(‘.’): print(d) a = [] a = re.split(“_kneaddata_paired_1_”,d) if len(a) >=2: samplename = a[0] dic[a[0]] = {} #os.rename(d, newname) fh = open(d, ‘r’) fhlines […]

Ubuntu中v2ray客户端配置实例

首先使用bash <(curl -L -s https://install.direct/go.sh)来快捷安装v2ray，如下：

root@vm:~# bash <(curl -L -s https://install.direct/go.sh) Installing V2Ray v4.18.0 on x86_64 Downloading V2Ray: https://github.com/v2ray/v2ray-core/releases/download/v4.18.0/v2ray-linux-64.zip % Total % Received % Xferd Average Speed Time Time Time Current Dload Upload Total Spent Left Speed 100 608 0 608 0 0 581 0 –:–:– 0:00:01 –:–:– 581 100 10.5M 100 10.5M 0 0 […]

Good software

multiqc ranger ployly

https://github.com/MultiQC

https://github.com/ranger/ranger

https://zhuanlan.zhihu.com/p/34369349

Histograms and Density Plots

Histograms and Density Plots Histograms

You can create histograms with the function hist(x) where x is a numeric vector of values to be plotted. The option freq=FALSE plots probability densities instead of frequencies. The option breaks= controls the number of bins.

# Simple Histogram hist(mtcars$mpg)

click to view

# Colored Histogram with Different Number […]

ARGs-OAP: 抗性基因在线分析工具(转）

ARGs_OAP_v2.0（步骤1）：https://github.com/biofuture/Ublastx_stageone ARGs-OAP在线分析网站（步骤2）： http://smile.hku.hk/SARGs

无处不在的抗性基因图片.png

环境中抗生素抗性基因（ARGs）的来源：随机突变或表达潜在抗性基因等方式使细菌体内基因组上存在的抗性基因原型、准抗性基因或潜在抗性基因被表达出来，从而使细菌获得的抗生素抗性。抗生素在人和动物肠道内诱导产生耐药菌，这些编码ARGs的耐药菌经由粪便排出并进入环境中，是环境中ARGs的重要来源。抗性基因的水平转移是抗性基因在环境中传播的的主要机制，通过将包含抗性基因的质粒、转座子、整合子作为载体，通过细菌之间细胞与细胞的接触，将抗性基因从载体细胞转移到受体细胞。

如何检测环境中抗生素抗性基因（ARGs）： PCR技术—定性。 qPCR技术—定量。宏基因组测序：以环境样品中的整个微生物群体基因组为研究对象，检测环境样本微生物中的物种组成、丰度，基因预测、基因丰度，利用数据库进行注释，得到样本中ARGs的种类和丰度与样本的相关性。 ARDB数据库：主要包含细菌病原菌的多种抗性基因数据，不能为环境样本宏基因组数据提供详细的ARG概况（即对每个检测到的ARG提供type/subtype的ARG分类信息和丰度信息）。 CARD数据库：以Antibiotic Resistance Ontology（ARO）为分类单位的形式所构建，ARO用于关联抗生素模块及其目标、抗性机制、基因变异等信息。 ResFinder：需要较长的查询reads。对于在ResFinder中被检测为ARG的序列，其必须至少覆盖数据库中匹配ARG长度的五分之二，具有不小于50％的相似性。 ARGO：侧重于万古霉素和β-内酰胺抗性基因。 ARG-ANNOT：设计用于检测细菌基因组中的ARG而不是环境样品。构建ARG综合数据库SARG v1.0 整合CARD和ARDB数据库 CARD数据库2,513条序列； ARDB数据库7,828条序列；去除586条共享序列； SARG包含4246条ARGs参考序列。去除非ARG序列去除冗余序列（完整蛋白质序列具有100％同一性）去除与SNP相关的ARG序列去除描述为“假定蛋白质”或“未命名蛋白质”的序列构建结构化ARG数据库SARG 构建ARG综合数据库SARG v2.0 图片.png 使用SARG v1.0作为从NCBI-NR获取潜在ARG序列的种子。 NCBI-NR序列BLASTP比对SARG v1.0数据库（e-value:1e-7, identity: 90％、80％、70％）； levels: Accurate, Moderate and Loose 。基于序列相似度或关键字匹配将ARG序列分配给不同的Subtype。合并时，删除有多个分类结果的序列，只保留具有匹配分类（type和subtype）的序列。

Number of ARGs reference genes […]

pronunciation

发音第一个 n 带鼻音

analysis (noun single )

analyses (noun) (multiplex number of analysis)

动词

analyse a’ n(ə)lʌɪz 发音a 不带鼻音

th 在尾巴发 f

thanks

中间ch发k的时候要弱化发音

VOSEQ server start

####

[shenzy@LFE0530 VoSeq-2.1.1]$ source /usr/bin/virtualenvwrapper.sh [shenzy@LFE0530 VoSeq-2.1.1]$ workon voseq_environment (voseq_environment) [shenzy@LFE0530 VoSeq-2.1.1]$

python voseq/manage.py runserver –settings=voseq.settings.local 143.89.29.80:8000

setup environmental variables, virtual environments Wai-Yin Kwan edited this page on Jul 5, 2015 · 12 revisions Pages 7 Home Common git commands Computer setup Github workflow Helpful links misc commands setup environmental variables, virtual environments […]

Sci-Hub 最新可用网址

Pubmedy：显示影响因子+引用数、Sci-hub全文下载的浏览器扩展

很多人都知道一个下载文献的好地方 Sci-Hub，但是现在 Sci-Hub 的站长 Alexandra Elbakyan 女士面临着爱思唯尔的诉讼，让其面临数百万美元的赔偿。因此现在 Sci-Hub 在某些时候可能不可用了。不过 Alexandra Elbakyan 女士并未妥协，希望大家能多支持一下这位女士（貌似只能接受比特币捐款，我也不知道怎么弄，要是paypal或者payoneer就好了）。

相信很多人都知道下面这两个网址：

Sci-Hub 官网：http://www.sci-hub.org/

Sci-Hub 替代网址：http://www.sci-hub.io/

http://sci-hub.ac/和http://sci-hub.cc/也都已经阵亡（2017月12月6日测试）

以上几个网址都挂了，现在可用的是

http://sci-hub.bz/（12月8日测试已经不可用了）

http://sci-hub.la/

http://sci-hub.hk/

http://sci-hub.tw/

http://sci-hub.tv/

http://80.82.77.83/

http://80.82.77.84/

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