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#!/bin/bash #PBS -l walltime=96:00:00,nodes=8:ppn=10 #PBS -N kofamscan source activate hybrid_assembly #SC9523_extract_paired_1.fasta.fastq_matchedmeghitresult #metawrap binning -o /home/mhyleung/workspace/loreal_shotgun2/NovaSeq_new/metawrap_assembly_R2/LOR303C -t 16 -a /home/mhyleung/worksp[……] […] https://bioinformatics.stackexchange.com/questions/2341/how-to-extract-convert-gff3-cds-sequences-to-multifasta
Using python and this GFF parser that mimics Biopython’s SeqIO parsers:
[…] #!/bin/bash #PBS -l walltime=48:00:00,nodes=8:ppn=4 #PBS -N bbmap_batch #PBS -l walltime=48:00:00 #megahit -1 /disk/rdisk09/zhiyshen/combined_HKG_1.fastq.gz -2 /disk/rdisk09/zhiyshen/combined_HKG_2.fastq.gz -m 0.9 -o /disk/rdisk09/zhiyshen/HKG_coassembly_out –min-contig-len 2000 -t 28 source a[……] […] #!/usr/bin/env python import os,re,sys,string,commands,getopt,subprocess,glob,csv import prettytable as pt from os import path #SL335752_kneaddata_paired_1_kneaddata_paired_1.fastq.gz_rep.mpa.txt_bracken.txt #SL311013_1_kneaddata_paired_1_kneaddata_paired_1.fastq.gz_rep_mpa.txt_bracken.txt def[……] […] #!/usr/bin/env python import os,re,sys,string,commands,getopt,subprocess,glob from os import path #/disk/rdisk08/mhyleung/loreal_shotgun2/NovaSeq_new/decontam_output_genome/paired_completed/szy_test #LOR294C_S130_R1_001_kneaddata_paired_1_decontaminated.fastq.paired.fq.gz #LOR294C_S130_R1_001[……] […] 昨天写一个脚本花了一天的2/3的时间，而且大部分时间都耗在了sed命令上，今天不总结一下都对不起昨天流逝的时间啊~~~ 用sed命令在行首或行尾添加字符的命令有以下几种： 假设处理的文本为test.file
 在每行的头添加字符，比如”HEAD”，命令如下： sed ‘s/^/HEAD&/g’ test.file 在每行的行尾添加字符，比如“TAIL”，命令如下： sed ‘s/$/&TAIL/g’ test.file 运行结果如下图：  几点说明： 1.”^”代表行首，”$”代表行尾[……][…] s.strip() .lstrip() .rstrip(',') 去空格及特殊符号
复制字符串Python 1 #strcpy(sStr1,sStr2) 2 sStr1 = 'strcpy' 3 sStr2 = sStr1 4 sStr1 = 'strcpy2' 5 print sStr2 连[……][…] def stdDeviation(a): l=len(a) m=sum(a)/l d=0 for i in a: d+=(i-m)**2 return (d*(1/l))**0.5 a=[5,6,8,9] print(stdDeviation(a)) ======== 1.5811388300841898 […] ------------------------------------------------------------------------- SED单行脚本快速参考（Unix 流编辑器） 2005年12月29日 英文标题：USEFUL ONE-LINE SCRIPTS FOR SED (Unix stream editor) 原标题：HANDY ONE-LINERS FOR SED (Unix stream editor) 整理：Eric Pement - 电邮：pemente[at]northpark[dot]edu[......] […] #!/usr/bin/python #filename:string.py import string print string.atoi(’13’,8) #这里转换8进制的数 print string.atoi(’13’,16) #这里转换成16进制的数 运行后的结果： 11 19 >>> import string >>> string.atoi(’13’,8) 11 >>> string.atoi(’13’,10) 13 >>> string.at[……] […] |
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