Chip seq

何謂ChIP-Seq? ChIP–seq ( Chromatin immunoprecipitation sequencing )是指染色質免疫沉澱後,所獲得的DNA片段進行高通量定序,並將此片段利用生物資訊的軟體對回至基因體,可以瞭解DNA-binding proteinshistone modifications的狀況,進而得知染色结合的調控因子的相互作用關係。 ChIP-chipChIP-Seq差異? 次世代定序較ChIP-chip提供更高的解析度,較少的雜訊,較少的ChIP-DNA的量,及可偵測的動態範圍及基因體範圍較廣,因此可呈現較真實的基因調控及表觀[……]

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Illumina MiSeq 与GS FLX/Junior、Ion Torrent PGM性能比较

Illumina MiSeq 与GS FLX/Junior性能比较表

   

Illumina MiSeq

GS FLX/Junior

实验流程和周期 提供最快的二代测序的实验流程, 可在8小时内完成从DNA样本其实到分析后的数据,比GS FLX/Junior5倍。流程包括:l   文库制备:1.5小时,使用快速、transposon-based Nextera方法 l   在一个仪器系统内、以不到4.5小时(1 X 36 bp)的时间完成从自动话的簇生成到测序 l   在同一个仪器系统内,以不到2小时的时间完成初级和次级测[……]

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第三代测序技术

如果有人告诉你用显微镜实时观测单分子DNA聚合酶复制DNA,并用它来测序,你一定会 认为他异想天开,没有一点生物的sense。 我最初就是这样认为的,然而它不仅可以实现,而且已经实现了!这个就是被称为第三 代的测序技术,Pacific Biosciences公司推出的“Single Molecule Real Time (SMRT ™) DNA Sequencing”(单分子实时DNA测序)。 我有幸在NIH听到了这个技术发明人Stephen Turner博士的讲座,根据自己粗浅的理解 记录整理一下。 要实现单分子实时测序,有三个关键的技术。 第一个是荧[……]

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