|
||||||
|
https://github.com/franciscozorrilla/metaGEM A Snakemake-based workflow to generate high quality metagenome assembled genomes from short read paired-end data, reconstruct genome scale metabolic models, and perform community metabolic interaction simulations on high performance computing clusters.[……] […] http://www.360doc.com/content/20/0823/10/71250389_931761136.shtml https://github.com/LangilleLab/microbiome_helper/wiki/Metagenomics-standard-operating-procedure-v2 Note that this workflow is continually being updated. If you want to use the below commands be sure to keep track of them locally[……] […] 何謂ChIP-Seq? ChIP–seq ( Chromatin immunoprecipitation sequencing )是指染色質免疫沉澱後，所獲得的DNA片段進行高通量定序，並將此片段利用生物資訊的軟體對回至基因體，可以瞭解DNA-binding proteins及histone modifications的狀況，進而得知染色質及相结合的調控因子之間的相互作用關係。 ChIP-chip與ChIP-Seq差異? 次世代定序較ChIP-chip提供更高的解析度，較少的雜訊，較少的ChIP-DNA的量，及可偵測的動態範圍及基因體範圍較廣，因此可呈現較真實的基因調控及表觀[……] […] Illumina MiSeq 与GS FLX/Junior性能比较表
Illumina MiSeq GS FLX/Junior 实验流程和周期 提供最快的二代测序的实验流程， 可在8小时内完成从DNA样本其实到分析后的数据，比GS FLX/Junior快5倍。流程包括：l 文库制备：1.5小时，使用快速、transposon-based Nextera方法 l 在一个仪器系统内、以不到4.5小时（1 X 36 bp）的时间完成从自动话的簇生成到测序 l 在同一个仪器系统内，以不到2小时的时间完成初级和次级测[……] […] 如果有人告诉你用显微镜实时观测单分子DNA聚合酶复制DNA，并用它来测序，你一定会 认为他异想天开，没有一点生物的sense。 我最初就是这样认为的，然而它不仅可以实现，而且已经实现了！这个就是被称为第三 代的测序技术，Pacific Biosciences公司推出的“Single Molecule Real Time (SMRT ™) DNA Sequencing”（单分子实时DNA测序）。 我有幸在NIH听到了这个技术发明人Stephen Turner博士的讲座，根据自己粗浅的理解 记录整理一下。 要实现单分子实时测序，有三个关键的技术。 第一个是荧[……] […] |
|
||||
|
Copyright © 2023 小生这厢有礼了(BioFaceBook Personal Blog) - All Rights Reserved Powered by WordPress & Atahualpa |
||||||
Recent Comments