amber进行MD的步骤如下：PDB文件需要去掉结晶水、氢 和金属离子（非必须）。 网上教程：http://enzyme.fbb.msu.ru/Tutorials/
金属酶的模拟：http://ambermd.org/tutorials/advanced/tutorial1_orig/ 蛋白和配体的模拟：
1：分子系统的准备
命令如下： tleap //进入leap source leaprc.ff99SB //加载蛋白力场 source leaprc.gaff //如果有小分子加载小[……]
[…]
Recent Comments