amber进行MD的步骤如下：PDB文件需要去掉结晶水、氢 和金属离子（非必须）。 网上教程：http://enzyme.fbb.msu.ru/Tutorials/
金属酶的模拟：http://ambermd.org/tutorials/advanced/tutorial1_orig/ 蛋白和配体的模拟：
1：分子系统的准备
命令如下： tleap //进入leap source leaprc.ff99SB //加载蛋白力场 source leaprc.gaff //如果有小分子加载小分子力场 loadamberparams lig.frcmod //特殊情况还要加载其他特殊的力场参数 mol = loadpdb protein.pdb //定义mol变量并加载蛋白分子 bond mol.1.SG mol.6.SG //如果要二硫键。 check mol //检查蛋白 saveamberparm mol protein_vac.top protein_vac.crd //生成真空拓扑、坐标文件 solvatebox mol TIP3PBOX 10.0 //此为方形，八面体用solvateoct charge mol //检测系统电荷
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