amber进行MD的步骤如下:PDB文件需要去掉结晶水、氢 和金属离子(非必须)。 网上教程:http://enzyme.fbb.msu.ru/Tutorials/
金属酶的模拟:http://ambermd.org/tutorials/advanced/tutorial1_orig/ 蛋白和配体的模拟:
1:分子系统的准备
命令如下: tleap //进入leap source leaprc.ff99SB //加载蛋白力场 source leaprc.gaff //如果有小分子加载小[……]
[…]
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