Amber的分子动力学模拟 (转贴)

amber进行MD的步骤如下:PDB文件需要去掉结晶水、氢 和金属离子(非必须)。 网上教程:http://enzyme.fbb.msu.ru/Tutorials/

金属酶的模拟:http://ambermd.org/tutorials/advanced/tutorial1_orig/ 蛋白和配体的模拟:

1:分子系统的准备

   命令如下: tleap                         //进入leap source  leaprc.ff99SB         //加载蛋白力场 source  leaprc.gaff           //如果有小分子加载小[……]

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[…]