熟悉我们生信技能树团队的应该都知道大名鼎鼎的y叔啦，作为我们论坛的荣誉顾问，y叔一直勤勤恳恳的指出我们的错误，特意在此谢谢y叔！并奉上y叔的ChIP-seq数据分析大礼包，已经征得y叔同意啦！
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CS0: ChIPseq从入门到放弃
接下来要出一个ChIPseq系列，讲一讲ChIPseq和我的ChIPseeker包，从入门到放弃是我自己的个人写照。我做ChIPseq总共也就3个月的时间，做的事情并不多，在一知半解的情况下写下了ChIPseeker包。
正如我在《话题投票》里说的，我当时被要求做ChIPseq分析是为他人做嫁衣，而且是完全白干那种，但做为学生，白干也得干。
当时一开始使用ChIPpeakAnno做注释，但用UCSC genome browser检验结果的时候，发现对不上。在对ChIPpeakAnno包不满意的情况下，开始着手写ChIPseeker，其实在使用ChIPpeakAnno的时候，我就有写代码对结果做一些可视化，所以未有ChIPseeker先有ChIPseeker的部分可视化功能。当时写了篇博客文说ChIPpeakAnno的问题，一个月后就在Bioconductor上发表了ChIPseeker，这包完全是我半夜在宿舍里写出来的。
当时还在生物系，被我炒掉的前老板每天要求必须起码在实验室待够12小时，我每天都待到10点半左右才回宿舍，日常在实验室里啥都干不了，白天各种瞎折腾，晚上还要陪他聊天，但说来说去，每天几乎都差不多，无非是他很牛逼，我们这帮人读他phd实在太幸运，日复一日传销式洗脑。而我因为结婚了，家又离得近，周末回家，白天经常多一段单独对我的洗脑，做为一个PhD学生，在发表文章之前是不能够有周末的。每天10半从实验室里出来，回到宿舍11点，跟老婆打电话再洗澡，12点。然后从12点开始写代码到2点睡觉，才有了这个包。
虽然是一知半解的时候开发的，但还是受到大家的欢迎，半年前Matt邀请我去人大做报告时，也专门提到了ChIPseeker。
也有美国的助理教授，跟我要paper，说是上课的时候，要给学生读的，这广告效果我给满分。
文章发表了一年，已经被33篇文章引用，其中不乏有影响因子比较高的杂志：
下面是其中一些引用文章的图：
虽然ChIPseeker是我写给自己做ChIPseq注释的，但Ming Tang (https://github.com/crazyhottommy/ChIP-seq-analysis）用它去做DNA breakdown注释，当然像lincRNA注释也是有人做并且完全是支持的。有一些我以前从没在文档里提到的东西，也应该会在这个系列里写出来。
这个系列基本上是围绕着ChIPseeker的功能而来，名副其实从入门到放弃，因为我自己也是入了门然后放弃，如果想看从入门到精通的，这显然不适合你。
然而今天只是个剧透，敬请期待。
CS1: ChIPseq简介
ChIP是指染色质免疫沉淀，它通特异结合抗体将DNA结合蛋白免疫沉淀，可以用于捕获蛋白质（如转录因子，组蛋白修饰）的DNA靶点。这技术存在非常久了，在二代测序之前，结合microarray，它的名字叫ChIP-on-chip，二代测序出来之后，显而易见的，免疫沉淀拉下来的DNA拿去NGS测序，这必然是下一代的ChIP技术，优点也是显而易见的，不再需要设计探针（往往存在着一定的偏向性）。所以NGS出来以后，不差钱的牛逼实验室显然占据上风，谁先做出来，谁就定义了新技术。这是有钱人的竞赛，没钱的只能等着技术烂大街的时候跟风做。 这是显而易见的下一代技术，外加技术上完全是可行的，所以这是一场单纯的时间竞赛，于是几乎同时出来CNS文章，基本上谁也不比谁差地同时扔出来。
Johnson DS, Mortazavi A et al. (2007) Genome-wide mapping of in vivo protein–DNA interactions. Science 316: 1497–1502 Robertson G et al.(2007) Genome-wide profiles of […]
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