一、摘要
实验旨在了解Chip-seq的基本原理。通过模仿文献《Targeting super enhancer associated oncogenes in oesophageal squamous cell carcinoma》的流程，学会利用NCBI和EBI数据库下载数据，熟悉Linux下的基本操作，并使用R语言画图，用Python或者shell写脚本进行基本的数据处理，通过FastQC、Bowtie、Macs、samtools、ROSE等软件进行数据处理，并对预测结果进行分析讨论。
二、材料
1、硬件平台
处理器:Intel（R） Core（TM）i7-4710MQ CPU @ 2.50GHz 2.50GHz
安装内存(RAM)：16.0GB
2、系统平台
Windows 8.1，Ubuntu
3、软件平台
① Aspera connect ② FastQC ③ Bowtie
④ Macs 1.4.2 ⑤ IGV ⑥ ROSE
4、数据库资源
NCBI数据库：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/;
EBI数据库：http://www.ebi.ac.uk/;
5、研究对象
加入H3K27Ac 抗体处理过的TE7细胞系测序数据和其空白对照组
加入H3K27Ac 抗体处理过的KYSE510细胞系和其空白对照组
背景简介：食管鳞状细胞癌（OSCC）是一种侵袭性的恶性肿瘤，本文章通过高通量小分子抑制剂进行筛选，发现了一个高度有效的抗癌物，特异性的CDK7抑制剂THZ1。RNA-Seq显示，低剂量THZ1会对一些致癌基因的产生选择性抑制作用，而且，对这些THZ1敏感的基因组功能的进一步表征表明他们经常与超级增强子结合（SE）。ChIP-seq解读在OSCC细胞中，CDK7的抑制作用的机制。
本文亮点：确定了在OSCC细胞中SE的位置，以及识别出许多SE有关的调节元件；并且发现小分子THZ1特异性抑制SE有关的转录，显示强大的抗癌性。
文章PMID: 27196599
三、方法
1、Aspera软件下载及安装
进入Aspera官网的Downloads界面，选中aspera connect server，点击Wwindows图标，选择v3.6.2版本，点击Download进行下载。
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