ARGs_OAP_v2.0（步骤1）：https://github.com/biofuture/Ublastx_stageone ARGs-OAP在线分析网站（步骤2）： http://smile.hku.hk/SARGs
无处不在的抗性基因 图片.png
环境中抗生素抗性基因（ARGs）的来源： 随机突变或表达潜在抗性基因等方式使细菌体内基因组上存在的抗性基因原型、准抗性基因或潜在抗性基因被表达出来，从而使细菌获得的抗生素抗性。 抗生素在人和动物肠道内诱导产生耐药菌，这些编码ARGs的耐药菌经由粪便排出并进入环境中，是环境中ARGs的重要来源。 抗性基因的水平转移是抗性基因在环境中传播的的主要机制，通过将包含抗性基因的质粒、转座子、整合子作为载体，通过细菌之间细胞与细胞的接触，将抗性基因从载体细胞转移到受体细胞。
如何检测环境中抗生素抗性基因（ARGs）： PCR技术—定性。 qPCR技术—定量。 宏基因组测序：以环境样品中的整个微生物群体基因组为研究对象，检测环境样本微生物中的物种组成、丰度，基因预测、基因丰度，利用数据库进行注释，得到样本中ARGs的种类和丰度与样本的相关性。 ARDB数据库：主要包含细菌病原菌的多种抗性基因数据，不能为环境样本宏基因组数据提供详细的ARG概况（即对每个检测到的ARG提供type/subtype的ARG分类信息和丰度信息）。 CARD数据库：以Antibiotic Resistance Ontology（ARO）为分类单位的形式所构建，ARO用于关联抗生素模块及其目标、抗性机制、基因变异等信息。 ResFinder：需要较长的查询reads。对于在ResFinder中被检测为ARG的序列，其必须至少覆盖数据库中匹配ARG长度的五分之二，具有不小于50％的相似性。 ARGO：侧重于万古霉素和β-内酰胺抗性基因。 ARG-ANNOT：设计用于检测细菌基因组中的ARG而不是环境样品。 构建ARG综合数据库SARG v1.0 整合CARD和ARDB数据库 CARD数据库2,513条序列； ARDB数据库7,828条序列； 去除586条共享序列； SARG包含4246条ARGs参考序列。 去除非ARG序列 去除冗余序列（完整蛋白质序列具有100％同一性） 去除与SNP相关的ARG序列 去除描述为“假定蛋白质”或“未命名蛋白质”的序列 构建结构化ARG数据库SARG 构建ARG综合数据库SARG v2.0 图片.png 使用SARG v1.0作为从NCBI-NR获取潜在ARG序列的种子。 NCBI-NR序列BLASTP比对SARG v1.0数据库（e-value:1e-7, identity: 90％、80％、70％）； levels: Accurate, Moderate and Loose 。 基于序列相似度或关键字匹配将ARG序列分配给不同的Subtype。 合并时，删除有多个分类结果的序列，只保留具有匹配分类（type和subtype）的序列。
Number of ARGs reference genes […]
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