小生这厢有礼了(BioFaceBook Personal Blog)

昨天开始学用Cytoscape，其tutorial分为两个部分，基础的和高级的。基础教程又分成了四课：Getting Started、Filters & Editor、Fetching External Data和Expression Analysis。为防忘记，做个摘记。 第一课 新手上路，地址见http://goo.gl/FJLxp。 Cytoscape可以本地安装，也可以web start。软件得用java，所以要装JRE。我在Ubuntu下装了OpenJDK，可以运行。因为以前一直没把jnlp文件和java关联起来，所以从没成功web start过，试了一下“课文”里给出的链接，似乎不太靠谱，总之是没法启动。 启动Cytoscape后，得下载两个样例文件。以sif为后缀名的是蛋白相互作用网络信息，里面的蛋白以数字形式区别，以na为后缀名的是各数字id的注释，似乎两者的文件名必须相同才能关联起来。 sif文件的打开\导入有两种方式：File → Import → Network(Multiple File Types)或者直接Ctrol+L，na文件是File → Import → Node Attributes。Network导入之后有多种显示风格，2.8版默认风格下，圆圈是各蛋白，称为节点（node），其间各线为edge，代表相互作用。点中圆圈就选中了一个节点，想要多选，可以采用同时按Shift的方法，也可以先在Select → Mouse Drag Selects设置好选node还是选edge，然后鼠标拖放，一选一大片。 此外还可以有目的地选择。比如可以Select → Nodes → By Name，然后输入蛋白id，即可选中此节点。大海捞针即告完成。此操作的快捷键是Ctrl+F。 如果已经选中了节点，还可以Select → Nodes → First neighbors of selected nodes，可将所选蛋白的直接相互作用蛋白选中，再选File → New → Network → From selected nodes, all edges，即将相互作用网络的一个子网络剥离出来。 […]