Cytoscape基础教程笔记

昨天开始学用Cytoscape，其tutorial分为两个部分，基础的和高级的。基础教程又分成了四课：Getting Started、Filters & Editor、Fetching External Data和Expression Analysis。为防忘记，做个摘记。

第一课 新手上路，地址见http://goo.gl/FJLxp。
Cytoscape可以本地安装，也可以web start。软件得用java，所以要装JRE。我在Ubuntu下装了OpenJDK，可以运行。因为以前一直没把jnlp文件和java关联起来，所以从没成功web start过，试了一下“课文”里给出的链接，似乎不太靠谱，总之是没法启动。
启动Cytoscape后，得下载两个样例文件。以sif为后缀名的是蛋白相互作用网络信息，里面的蛋白以数字形式区别，以na为后缀名的是各数字id的注释，似乎两者的文件名必须相同才能关联起来。
sif文件的打开\导入有两种方式：File → Import → Network(Multiple File Types)或者直接Ctrol+L，na文件是File → Import → Node Attributes。Network导入之后有多种显示风格，2.8版默认风格下，圆圈是各蛋白，称为节点（node），其间各线为edge，代表相互作用。点中圆圈就选中了一个节点，想要多选，可以采用同时按Shift的方法，也可以先在Select → Mouse Drag Selects设置好选node还是选edge，然后鼠标拖放，一选一大片。
此外还可以有目的地选择。比如可以Select → Nodes → By Name，然后输入蛋白id，即可选中此节点。大海捞针即告完成。此操作的快捷键是Ctrl+F。
如果已经选中了节点，还可以Select → Nodes → First neighbors of selected nodes，可将所选蛋白的直接相互作用蛋白选中，再选File → New → Network → From selected nodes, all edges，即将相互作用网络的一个子网络剥离出来。
Layout菜单的功能比较花哨，是关于相互作用网络图的组织原则的。可以乱试一通，一张一张放在ppt里唬人，呵呵。
一团乱麻般的相互作用网络图下是查看节点或连线所代表的信息的地方，称为data panel。按Attributes按钮会弹出一个小窗口，可供选择需要列出的栏目的名字，比如id，或者对应的基因名，当然这个基因名信息是从na文件里导入的。
乱麻左边的窗口是有多个tab的控制面板。Network那个tab里可以在导入的sif里切换。VizMapper tab里可以定制显示样式，比如圆圈变成方形，或者变大一些，或者换个底色，连线换个粗细和颜色等等。如果莫名找不到的话，Cytoscape的菜单栏下有几个快捷按钮，其中有一个可以打开VizMapper。各种样式设置好之后一定要点Apply，还可以新建或者另存，便于把所有的网络打上自创风格的烙印。
Cytoscape还支持从网上直接导入相互作用网络，也是在File → Import → Network (Multiple File Types)一步，选择remote，然后输入url。从例题来看应该至少兼容SBML格式的。不过lin下代理我还是搞不定，这种“奢侈”的功能姐还是表痴心妄想了……
最后是是第一课课文里我最喜欢的一段，意译如下：
恭喜！贺喜！你竟然活着看完了整个教程里最无聊的一部分：“踩盘子”。放纵一下吧，弄个带榨菜的煎饼好好享受一番！