微生物基因组中的GC-skew(zhuantie)

如果给出两个关键词:生物信息、GC,可能很多人的第一反应是“GC含量”(GC-content)或者“CpG岛”(CpG island)吧。这两个星期开始做非编码RNA(Non-coding RNA)预测(对象是Sinorhizobium meliloti,草木樨中华根瘤菌),接触到一个以前没听说过的新的“GC理论”:GC-skew.查国内文献,几乎找不到对它的详细介绍(也没有对应的中文翻译,skew有“ 歪,偏, 斜”的意思,通过我对这个理论的理解,就把GC-skew翻译为“GC偏移”吧)。这里翻译一篇Nature上的Review,和大家分享一下。                  [……]

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3d printing living things DNA by Cambrian Genomics

http://www.youtube.com/watch?feature=player_detailpage&v=HjR6hzAYygk […]

DNAPLOTTER circos tool

DNAPlotter

DNAPlotter is a collaborative project between Jemboss and Artemis. It makes use of the existing circular plot in Jemboss and the Artemis sequence libraries. The DNAPlotter is interactive. The sections below describe how the circular / linear plot can be altered and enhance[……]

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