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mysql问题： mysql> use dbname; Database changed mysql> show tables; ERROR 1018 (HY000): Can’t read dir of ‘./dbname/’ (errno: 13) 原因： 这个库目录的属主不对，使用chown修改之，表信息都正常了。 此时可以#ls -l 或 #ll 查看该目录的详细信息，就可发现库目录的属主不是mysql 解决方法： #chown -R mysql:mysql /var/lib/mysql/dbname 其中 /var/lib/mysql/d[……] […] 1、结束当前正在运行的mysql进程。 # killall mysqld 有时不行，仍然还有，则运行/etc/init.d/mysql stop 2、用mysql安全模式运行并跳过权限验证。 # /usr/bin/mysqld_safe –skip-grant-tables 或mysqld –skip-grant-tables & 3、以root身份登录mysql。 # mysql -u root 4. 修改root用户的密码； mysql> update mysql.user set password=PASSWORD(‘新密码’) whe[……] […] 1、关掉数据库 sudo /etc/init.d/mysql stop 2、假设我们指定的数据库文件目录为/db 创建目录 /db,并修改其拥有者及所属群组为mysql:mysql.命令：chown mysql:mysql db 修改mysql配置文件/etc/mysql/my.cnf：将datadir=/var/lib/mysql改为datadir=/db 3、修改ubuntu中的安全设置 sudo gedit /etc/apparmor.d/usr.sbin.mysqld 在这个文件里面加入权限设定，将原来的 /var/lib/mysql/ r, /var/lib/m[……] […] 先停止mysql root@shenzy-ubuntu:/usr/local/mysql# /etc/init.d/mysql stop 完事后最后启动mysql root@shenzy-ubuntu:/usr/local/mysql# /etc/init.d/mysql start linux环境下，如何更改 mysql数据存放路径 linux下，MySQL默认的数据文档存储目录为/var/lib/mysql。假如要把MySQL目录移到/home/data下需要进行下面几步： 1、home目录下建立data目录 cd /home mkdir data 2、把MySQL[……] […] 最近需要对预测到的基因进行个注释工作，着手进行blast2go的工作： 最简单方式:运用官网的免费在线调用数据库方式，（需要安装好JAVA Java Runtime Environment (JRE) from http://www.java.com/download） 步骤如下： （1）进入官网http://www.blast2go.com/b2glaunch/start-blast2go […] 亚马逊弹性计算云（Amazon EC2）是一个Web服务，提供可调整的云计算能力。它旨在为开发人员提供简便的使用网络规模计算 登录https://console.aws.amazon.com/ec2/home 点击Launch Instance 开始创建新的实例 选择系统，一般类型选Micro ，因为只有这个是免费的 一步步默认走就可以，当然可以选择 创建下载Key pair 和防火墙配置，不过这些到时完成创建实例后也能配置！ […] 问题是这样的：有很多很多序列，几百条，想大致了解一下这些序列分别是什么样的微生物，如果一条一条去blast，那是相当的累。想找一个工具告诉我每条序列blast结果的前几条的名称是什么即可，不需要其它信息。 在网上找了一下，没找到合适的软件或工具，虽然有些关于批量blast的教程之类的，比如这个，但是给出的结果及其繁琐，很多不需要的信息。 后来发现Biopython可以很简单就进行批量Blast。只需先安装Python和Biopython，Python和Biopython的下载地址分别为： http://www.python.org/download/ http://www.bi[……] […] BLAST+与BLAST相比，有很多改进和提高，NCBI强烈推荐放弃BLAST，使用BLAST+， 这里说的BLAST和BLAST+，都是本地的，与之前的那个批量BLAST小程序不是一回事。BLAST下载地址：NCBI BLAST+ 。BLAST+的一般用法如下： 格式化数据库 makeblastdb -in db.fasta -dbtype prot -parse_seqids -out dbname 参数说明: -in：待格式化的序列文件 -dbtype：数据库类型，prot或nucl -out：数据库名 蛋白序列比对蛋白数据库（blastp） blastp[……]
[…] 高通量测序（下一代测序）最大的特点就是产生海量的数据，454测序运行一次可以产生400M左右的数据，Illumina HiSeq运行一次产生的数据量高达200G！这么多数据出来以后，必然需要大量的计算，而随着高通量测序在各个领域的广泛应用，个人计算机和工作站显然将无法完成这种数据处理工作。一些大公司或高校可以用他们自己的超级计算机进行计算，如华大拥有数个大型生物信息学超级计算中心，港大有HPC。那一些小的公司和科研单位怎么办呢？ 云计算是个非常合适的选择。云计算（Cloud computing）是一种基于互联网的计算方式，通过这种方式，共享的软硬件资源和信息可以按需提供给计算机和其他设备[……] […] 网站地图制作工具 (Sitemap Creator ver2.1)是优异搜索有限责任公司（www.ueseo.org）制作的，旨在帮助广大站长和网商更快速地推广网站的工具。优异搜索将永久免费提供网站地图制作工具的序列号。 使用 Python + PyQt 开发，py2exe 打包，使用 sis 制作 installer，主要原理是通过爬虫爬取一个网站的链接，然后制作sitemap.xml。 网站地图制作工具可以自动抓取一个网站的所有网页链接，制作sitemap.xml。站长将sitemap.xml上传到网站服务器上，然后提交到主要的 搜索引擎，如必应(Bing.com),百度，Go[……] […] |
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