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mysql问题： mysql> use dbname; Database changed mysql> show tables; ERROR 1018 (HY000): Can’t read dir of ‘./dbname/’ (errno: 13) 原因： 这个库目录的属主不对，使用chown修改之，表信息都正常了。 此时可以#ls -l 或 #ll 查看该目录的详细信息，就可发现库目录的属主不是mysql 解决方法： #chown -R mysql:mysql /var/lib/mysql/dbname 其中 /var/lib/mysql/dbname 为mysql数据库存储目录 1、结束当前正在运行的mysql进程。 # killall mysqld 有时不行，仍然还有，则运行/etc/init.d/mysql stop 2、用mysql安全模式运行并跳过权限验证。 # /usr/bin/mysqld_safe –skip-grant-tables 或mysqld –skip-grant-tables & 3、以root身份登录mysql。 # mysql -u root 4. 修改root用户的密码； mysql> update mysql.user set password=PASSWORD(‘新密码’) where User=’root'; mysql> flush privileges; mysql> quit Note:如果报错，乃是因为“‘”引号问题，不能复制粘帖，要打英文的单引号！ mysql> update mysql.user set password=PASSWORD(‘shenzy’) where User=’root’; ERROR 1064 (42000): You have an error in your SQL syntax; check the manual that […] 1、关掉数据库 sudo /etc/init.d/mysql stop 2、假设我们指定的数据库文件目录为/db 创建目录 /db,并修改其拥有者及所属群组为mysql:mysql.命令：chown mysql:mysql db 修改mysql配置文件/etc/mysql/my.cnf：将datadir=/var/lib/mysql改为datadir=/db 3、修改ubuntu中的安全设置 sudo gedit /etc/apparmor.d/usr.sbin.mysqld 在这个文件里面加入权限设定，将原来的 /var/lib/mysql/ r, /var/lib/mysql/** rwk, 更换成 /db/ r, /db/** rwk, AppArmor是一个linux底层程序，负责监控linux上的应用程序，只要跟注册的资料权限不符，路径不对，就不能执行。修改完成后，要重启 AppArmor服务才能生效。 执行 /etc/init.d/apparmor restart 4、重新初始化数据文件：执行sudo mysql_install_db 5、启动mysql数据库服务：sudo /etc/init.d/mysql start 6、设置mysql数据库root密码：mysqladmin -u root password ‘new-password’ 7、在/etc/mysql/debian.cnf中找到你的debian-sys-maint用户密码，在mysql中重新建立这个用户. 此时我们会发现/db目录下出现mysql相关文件。如果我们新建数据库，其数据库文件也将出现在db目录下。表示我们修改的mysql数据库文件存储目录正确。 有的时候因为掉电或者其他原因导致数据库损坏,我们可以使用mysql自带的mysqlcheck命令来快速修复所有的数据库或者特定的数据库;例如 检查优化并修复所有的数据库用: # mysqlcheck -A -o -r -p 修复指定的数据库用 # mysqlcheck -o -r Database_NAME […] 先停止mysql root@shenzy-ubuntu:/usr/local/mysql# /etc/init.d/mysql stop 完事后最后启动mysql root@shenzy-ubuntu:/usr/local/mysql# /etc/init.d/mysql start linux环境下，如何更改 mysql数据存放路径 linux下，MySQL默认的数据文档存储目录为/var/lib/mysql。假如要把MySQL目录移到/home/data下需要进行下面几步： 1、home目录下建立data目录 cd /home mkdir data 2、把MySQL服务进程停掉 一、 linux环境下，如何更改 mysql数据存放路径 linux下，MySQL默认的数据文档存储目录为/var/lib/mysql。假如要把MySQL目录移到/home/data下需要进行下面几步： 1、home目录下建立data目录 cd /home mkdir data 2、把MySQL服务进程停掉： mysqladmin -u root -p shutdown 3、把/var/lib/mysql整个目录移到/home/data mv /var/lib/mysql /home/data/ 这样就把MySQL的数据文档移动到了/home/data/mysql下 4、找到my.cnf配置文档 假如/etc/mysql目录下没有my.cnf配置文档，请到/usr/share/mysql/下找到*.cnf文档，拷贝其中一个到/etc/mysql并改名为my.cnf)中。命令如下： [root@test1 mysql]# cp /usr/share/mysql/my-medium.cnf /etc/mysql/my.cnf […] 最近需要对预测到的基因进行个注释工作，着手进行blast2go的工作： 最简单方式:运用官网的免费在线调用数据库方式，（需要安装好JAVA Java Runtime Environment (JRE) from http://www.java.com/download） 步骤如下： （1）进入官网http://www.blast2go.com/b2glaunch/start-blast2go 选择相应大小的内存，点击here，如未能直接在线运行，则会让你保存并下载blast2go.jnlp 文件。 （2）然后直接在命令行运行 javaws blast2go.jnlp 回车即可出现界面，剩下的就是简单点击界面和运行了！ ############################################## 本地化数据库命令行运行方式： B2G4PIPE – Blast2GO without graphical interface 1.从http://www.blast2go.com/b2glaunch/resources 下载相应资源 http://www.blast2go.com/data/blast2go/b2g4pipe_v2.5.zip http://www.blast2go.com/data/blast2go/local_b2g_db_tutorial_0809.zip 下载b2g database所需文件: http://archive.geneontology.org/latest-full/go-assocdb-data.gz ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/gene/DATA/gene_info.gz ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/gene/DATA/gene2accession.gz ftp://ftp.pir.georgetown.edu/databases/idmapping/idmapping.tb.gz (可选,依据mysql版本) 替换b2g_db.sql 里的TYPE=MyISAM 为 ENGINE=MyISAM 同上替换go_201110-assocdb-data里: sed -i ‘s/TYPE=MyISAM/ENGINE=MyISAM, DEFAULT CHARACTER SET latin1/’ go_201110-assocdb-data 2. 编辑后运行tutorial 里download_and_install.sh 或像下面这样手工运行: 3. 编辑并运行b2g_db.sql: […] 亚马逊弹性计算云（Amazon EC2）是一个Web服务，提供可调整的云计算能力。它旨在为开发人员提供简便的使用网络规模计算 登录https://console.aws.amazon.com/ec2/home
点击Launch Instance 开始创建新的实例 选择系统，一般类型选Micro ，因为只有这个是免费的
一步步默认走就可以，当然可以选择 创建下载Key pair 和防火墙配置，不过这些到时完成创建实例后也能配置！ 这是我已经安装好的实例，一般创建新的实例最好把测试的都terminated 意为删除！以免多收$ EC2收费标准请看http://aws.amazon.com/ec2/pricing/ Free Tier* As part of AWS’s Free Usage Tier, new AWS customers can get started with Amazon EC2 for free. Upon sign-up, new AWS customers receive the following EC2 services each month for one […] 问题是这样的：有很多很多序列，几百条，想大致了解一下这些序列分别是什么样的微生物，如果一条一条去blast，那是相当的累。想找一个工具告诉我每条序列blast结果的前几条的名称是什么即可，不需要其它信息。 在网上找了一下，没找到合适的软件或工具，虽然有些关于批量blast的教程之类的，比如这个，但是给出的结果及其繁琐，很多不需要的信息。 后来发现Biopython可以很简单就进行批量Blast。只需先安装Python和Biopython，Python和Biopython的下载地址分别为： http://www.python.org/download/ http://www.biopython.org/wiki/Download Windows版本下载后直接双击安装即可，非常简单。 然后打开IDLE（Python GUI)，”File”->”New Window”, 分如下两步进行： 第一步，运行下面的代码进行Blast from Bio.Blast import NCBIWWW from Bio import SeqIO import time SeqNumber = 0 for record in SeqIO.parse(“allseq.seq”, “fasta”): SeqNumber += 1 try: result_handle = NCBIWWW.qblast(“blastn”, “nr”, record.seq) save_file = open(‘xml\\’+str(SeqNumber)+’.xml’, ‘w’) save_file.write(result_handle.read()) save_file.close() print SeqNumber,’ OK!’ except: print SeqNumber,’ Error! Will try again later!’ […] BLAST+与BLAST相比，有很多改进和提高，NCBI强烈推荐放弃BLAST，使用BLAST+， 这里说的BLAST和BLAST+，都是本地的，与之前的那个批量BLAST小程序不是一回事。BLAST下载地址：NCBI BLAST+ 。BLAST+的一般用法如下： 格式化数据库 makeblastdb -in db.fasta -dbtype prot -parse_seqids -out dbname 参数说明: -in：待格式化的序列文件 -dbtype：数据库类型，prot或nucl -out：数据库名 蛋白序列比对蛋白数据库（blastp） blastp -query seq.fasta -out seq.blast -db dbname -outfmt 6 -evalue 1e-5 -num_descriptions 10 -num_threads 8 参数说明: -query： 输入文件路径及文件名 -out：输出文件路径及文件名 -db：格式化了的数据库路径及数据库名 -outfmt：输出文件格式，总共有12种格式，6是tabular格式对应BLAST的m8格式 -evalue：设置输出结果的e-value值 -num_descriptions：tabular格式输出结果的条数 -num_threads：线程数 核酸序列比对核酸数据库（blastn）以及核酸序列比对蛋白数据库（blastx） 与上面的blastp用法类似： blastn -query seq.fasta -out seq.blast -db dbname -outfmt 6 -evalue […] 高通量测序（下一代测序）最大的特点就是产生海量的数据，454测序运行一次可以产生400M左右的数据，Illumina HiSeq运行一次产生的数据量高达200G！这么多数据出来以后，必然需要大量的计算，而随着高通量测序在各个领域的广泛应用，个人计算机和工作站显然将无法完成这种数据处理工作。一些大公司或高校可以用他们自己的超级计算机进行计算，如华大拥有数个大型生物信息学超级计算中心，港大有HPC。那一些小的公司和科研单位怎么办呢？ 云计算是个非常合适的选择。云计算（Cloud computing）是一种基于互联网的计算方式，通过这种方式，共享的软硬件资源和信息可以按需提供给计算机和其他设备。整个运行方式很像电网（摘自维 基百科）。简单地说就是可以通过互联网，把数据放到“云”中进行计算。目前Google、亚马逊(Amazon)和微软都在开发并提供云计算服务，比较适 合进行高通量测序数据处理的应该是亚马逊的AWS。 今天简单了解了一下亚马逊提供的云计算，觉得挺不错的，灵活且价格便宜： (1) 进行计算的时候才收费，不用的时候不收费; (2) 操作系统可以自由选择Windows和Linux，而港大的HPC只有Linux可用…… (3) 价格非常便宜，以EC2为例，标准情况下，1个Instance（大致相当于一台普通电脑的计算能力吧）使用1小时只要0.085美元。这样，租20台电脑运行1天(24小时)，才40美元多一点，大致相当于260RMB，简直是太便宜了。 事实上，已经有很多人在用云计算在进行高通量测序数据处理了。请看：这里。 一个生物领域的新技术，一个计算机领域的新技术，这么一碰，火花就产生了。有点可惜的是，在这两个领域，中国都没有掌握核心技术，远远落后，需要加油！ 转载自：有个博客 [ http://www.yelinsky.com/blog/ ] 本文链接地址：http://www.yelinsky.com/blog/archives/349.html 网站地图制作工具 (Sitemap Creator ver2.1)是优异搜索有限责任公司（www.ueseo.org）制作的，旨在帮助广大站长和网商更快速地推广网站的工具。优异搜索将永久免费提供网站地图制作工具的序列号。 使用 Python + PyQt 开发，py2exe 打包，使用 sis 制作 installer，主要原理是通过爬虫爬取一个网站的链接，然后制作sitemap.xml。 网站地图制作工具可以自动抓取一个网站的所有网页链接，制作sitemap.xml。站长将sitemap.xml上传到网站服务器上，然后提交到主要的 搜索引擎，如必应(Bing.com),百度，Google,Yahoo!,和Ask.com等。这样可以使搜索引擎更好地索引您的网站，从而提高搜索引 擎排名。制作网站地图是最基本和非常重要的搜索引擎优化(Search Engine Optimization, SEO)工作。
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常见问题 (Q & A) 什么是网站地图 （Sitemap）? 网站地图是一个html格式的网页文件，提供网站的结构信息。用户可以阅读网站地图，更方便地了解一个网站的内容、布局、架构。通过网站地图，用户可以快速查找他想找的内容。 网站地图文件的链接一般放在网站的显眼处 （通常为网页底部最后一行），以便于网站浏览者更方便地看到并浏览。 网站地图也为搜索引擎提供了一个良好的入口去快速抓取网站的所有页面。制作网站地图，可以让搜索引擎更多更好地抓取您的网站，提高您的搜索引擎排名。这是搜索引擎优化（SEO）很重要的工作。 如何获得网站地图制作工具的序列号？ 所有用户都可以免费获得网站地图制作工具的序列号。您可以在优异搜索的网站上申请序列号。序列号申请网站为： http://www.ueseo.org/sitemap_creator.html 一个序列号只能在一台电脑上使用。请妥善保管您的序列号。 如何获得帮助？ 如果不太清楚如何使用网站地图制作工具软件或者如何向搜索引擎提交sitemap.xml，您可以到优异搜索提供的论坛中求助。论坛网址为： http://bbs.ueseo.org/ 您也可以直接与优异搜索联系。 如何提交sitemap.xml? 目前只有Google,Yahoo!,必应(Bing.com)和Ask.com支持提交sitemap.xml。百度目前不支持。下面是主要搜索引擎的 sitemap.xml提交地址。请注意，您需要将下面网站中的http://www.ueseo.org/sitemap.xml 替换成您的sitemap.xml文件的网址。 […] |
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