最近需要对预测到的基因进行个注释工作，着手进行blast2go的工作：
最简单方式:运用官网的免费在线调用数据库方式，（需要安装好JAVA Java Runtime Environment (JRE) from http://www.java.com/download）
步骤如下：
（1）进入官网http://www.blast2go.com/b2glaunch/start-blast2go
选择相应大小的内存，点击here，如未能直接在线运行，则会让你保存并下载blast2go.jnlp 文件。
（2）然后直接在命令行运行 javaws blast2go.jnlp 回车即可出现界面，剩下的就是简单点击界面和运行了！
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本地化数据库命令行运行方式：
B2G4PIPE – Blast2GO without graphical interface
1.从http://www.blast2go.com/b2glaunch/resources
下载相应资源
http://www.blast2go.com/data/blast2go/b2g4pipe_v2.5.zip
http://www.blast2go.com/data/blast2go/local_b2g_db_tutorial_0809.zip
下载b2g database所需文件:
http://archive.geneontology.org/latest-full/go-assocdb-data.gz
ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/gene/DATA/gene_info.gz
ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/gene/DATA/gene2accession.gz
ftp://ftp.pir.georgetown.edu/databases/idmapping/idmapping.tb.gz
(可选,依据mysql版本)
替换b2g_db.sql 里的TYPE=MyISAM 为 ENGINE=MyISAM
同上替换go_201110-assocdb-data里:
sed -i ‘s/TYPE=MyISAM/ENGINE=MyISAM, DEFAULT CHARACTER SET latin1/’ go_201110-assocdb-data
2. 编辑后运行tutorial 里download_and_install.sh 或像下面这样手工运行:
3. 编辑并运行b2g_db.sql:
mysql -u root –password=xxx < b2g_db.sql
导入数据时可能出现Variable ‘sql_mode’ can’t be set to the value of ‘NULL’ 之类的错误, 我的方法是把那行删掉. 然后继续导入:
把剩下的写入新文件: sed -n ‘12229,$p’ go_201110-assocdb-data > tmp.txt
然后再导入tmp.txt就可以了
12229表示从这行开始(最好包含drop table 那行), $表示文件最后一行
自动建立MySQL database结构：
mysql -h localhost -P 3306 -u shenzy -p blast2go < b2g_db.sql （创建名为blast2go数据库）或用如下默认创建数据库为b2g
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1
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mysql t -u root -p < b2g_db.sql |
shenzy@shenzy-ubuntu:/mnt/disk_xp/linux_shenzy$ mysql -s -u shenzy -p blast2go < go_201206-assocdb-data
mysql -s -u root -p b2g -e”LOAD DATA LOCAL INFILE ‘/database/gene2accession’ INTO TABLE gene2accession FIELDS TERMINATED BY ‘\t’ LINES TERMINATED BY ‘\n';”
shenzy@shenzy-ubuntu:/mnt/disk_xp/linux_shenzy$ mysql -s -u shenzy -p blast2go -e”LOAD DATA LOCAL INFILE ‘/mnt/disk_xp/linux_shenzy/gene_info’ INTO TABLE gene_info FIELDS TERMINATED BY ‘\t’ LINES TERMINATED BY ‘\n';”
java -Xms4G -Xmx8G -cp /home/shenzy/work/soft/blast2go/b2g4pipe/blast2go.jar:/home/shenzy/work/soft/blast2go/b2g4pipe/ext/mysql-connector-java-3.0.11-stable-bin.jar es.blast2go.prog.util.ImportPIR “idmapping.tb” “localhost” “b2g” “root” “shenzy” boolean-debug
#注意boolean-debug 仅仅是因为提示需要，否则命令行不能运行，报错如下：
Version: 17-09-2010
Usage: es.blast2go.prog.util.ImportPIR id-mapping-file db-host db-name db-user db-passwd boolean-debug
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