1. 随机森林模型 随机森林是一种基于决策树(Decisiontree)的高效的机器学习算法,可以用于对样本进行分类(Classification),也可以用于回归分析(Regression)。 它属于非线性分类器,因此可以挖掘变量之间复杂的非线性的相互依赖关系。通过随机森林分析,可以找出能够区分两组样本间差异关键OTU。 Feature Importance Scores表格-来源于随机森林结果
记录了各OTU对组间差异的贡献值大小。
[…]
|
||||||
1. 随机森林模型 随机森林是一种基于决策树(Decisiontree)的高效的机器学习算法,可以用于对样本进行分类(Classification),也可以用于回归分析(Regression)。 它属于非线性分类器,因此可以挖掘变量之间复杂的非线性的相互依赖关系。通过随机森林分析,可以找出能够区分两组样本间差异关键OTU。 Feature Importance Scores表格-来源于随机森林结果
记录了各OTU对组间差异的贡献值大小。 […] 1. ANOSIM 组间相似性分析
注:图上总共有 N+1 个盒子,N 为分组数量。“Between”的盒子指代的是分组之间的差异,其他分别代表各自组 内差异。R 值范围为-1 到+1,实际中 R 值一般从 0 到 1。R 值接近 1 表示组间差异[……]
[…] 做微生物16S测序的时候,公司的报告里经常会给到两种检验Adonis和ANOSIM,听过t.test、wilicox、anova各种检验,那么Adonis和ANOSIM检验是什么呢 Adonis 多元方差分析Adonis,多元方差分析,亦可称为非参数多元方差分析。其原理是利用距离矩阵(比如基于Bray-Curtis距离、Euclidean距离)对总方差进行分解,分析不同分组因素对样品差异的解释度,并使用置换检验对其统计学意义进行显著性分析。 Adonis分析结果通常如下: Index Df SumsOfSqs MeanSqs F.Model R2[……] […] |
||||||
Copyright © 2023 小生这厢有礼了(BioFaceBook Personal Blog) - All Rights Reserved Powered by WordPress & Atahualpa |
Recent Comments