小生这厢有礼了(BioFaceBook Personal Blog)

BLAST+与BLAST相比，有很多改进和提高，NCBI强烈推荐放弃BLAST，使用BLAST+， 这里说的BLAST和BLAST+，都是本地的，与之前的那个批量BLAST小程序不是一回事。BLAST下载地址：NCBI BLAST+ 。BLAST+的一般用法如下：

格式化数据库 makeblastdb -in db.fasta -dbtype prot -parse_seqids -out dbname 参数说明: -in：待格式化的序列文件 -dbtype：数据库类型，prot或nucl -out：数据库名

蛋白序列比对蛋白数据库（blastp） blastp -query seq.fasta -out seq.blast -db dbname -outfmt 6 -evalue 1e-5 -num_descriptions 10 -num_threads 8 参数说明: -query： 输入文件路径及文件名 -out：输出文件路径及文件名 -db：格式化了的数据库路径及数据库名 -outfmt：输出文件格式，总共有12种格式，6是tabular格式对应BLAST的m8格式 -evalue：设置输出结果的e-value值 -num_descriptions：tabular格式输出结果的条数 -num_threads：线程数

核酸序列比对核酸数据库（blastn）以及核酸序列比对蛋白数据库（blastx） 与上面的blastp用法类似： blastn -query seq.fasta -out seq.blast -db dbname -outfmt 6 -evalue […]

BLAST主页 — 访问BLAST程序，概要，帮助文件，和FAQs。

Gapped BLAST （2.0） — 一种BLAST版本，允许在它产生的对齐（alignments）中存在缺口。统计有效性的评估是基于使用随机序列的优先模拟。在不久的将来，所有对Gapped BLAST的访问都要通过QBLAST。

QBLAST — 一种新的系统，允许用户以他们方便的方式检索Gapped BLAST结果，并且可以用各种格式选项多次格式化他们的结果。这个系统也使NCBI更有效的使用计算资源，更好的为大家服务。到1999年秋季，QBLAST系统用于所有的BLAST搜索。

PSI-BLAST — 位点特异迭代BLAST — 用蛋白查询来搜索蛋白数据库的一个程序。所有被BLAST发现的统计有效的对齐被总和起来形成一个多次对齐，从这个对齐，一个位置特异的分值矩阵建立起 来。这个矩阵被用来搜索数据库，以找到额外的显著对齐，这个过程可能被反复迭代一直到没有新的对齐可以被发现。

PHI-BLAST — 模式发现迭代BLAST — 用蛋白查询来搜索蛋白数据库的一个程序。仅仅找出那些查询序列中含有的特殊模式的对齐。

BLAST两个序列 — 一个基于BLAST的工具，对齐两个核酸或蛋白的序列，产生一个成对的DNA-DNA或蛋白—蛋白序列比较。

IgBLAST —IgBLAST被开发出来以便于分析在GenBank中的免疫球蛋白的序列。它允许用blastp或blastn来搜索nr数据库或一个由免疫球蛋白生 殖系变化区基因的特殊的数据库。搜索可以限制在人类或小鼠的基因。IgBLAST执行三个主要的功能：1）报告与查询序列最相似的可变，D，或J区，2） 根据Kabat et al.来注解免疫球蛋白domains（从FWR1到FWR3），3）对于搜索核酸或蛋白nr数据库，通过匹配IgBLAST的发现和最接近的生殖系变化 区基因来简化识别相关序列的过程。

PowerBLAST —PowerBLAST是一个程序，允许对非常长的序列进行快速的gapped BLAST搜索，它把序列分割开，对每个部分搜索，然后把结果组装起来。包含在Sequin中的PowerBlast版本使用了新的强大的gapped BLAST算法，过滤和物种特异的输出特点还仍旧保留。

BLAST E-mail服务器 — 基于e-mail的序列相似搜索服务，接受FASTA格式的核酸或蛋白序列。如果要获得帮助文件，给blast@ncbi.nlm.nih.gov写一封只有内容为HELP的E-Mail。

网络BLAST — 一个WWW Entrez基于TCP/IP的客户-服务器版本。直接通过Internet来连接NCBI的数据库来检索数据。有PC，Mac，Unix，版本的客户软件。

单独的BLAST — 下载可用于本地执行使用的BLAST。二进制版本有IRIX 6.2, Solaris 2.6, DEC OSF1 (ver. […]