BLAST主页 — 访问BLAST程序，概要，帮助文件，和FAQs。
Gapped BLAST （2.0） — 一种BLAST版本，允许在它产生的对齐（alignments）中存在缺口。统计有效性的评估是基于使用随机序列的优先模拟。在不久的将来，所有对Gapped BLAST的访问都要通过QBLAST。
QBLAST — 一种新的系统，允许用户以他们方便的方式检索Gapped BLAST结果，并且可以用各种格式选项多次格式化他们的结果。这个系统也使NCBI更有效的使用计算资源，更好的为大家服务。到1999年秋季，QBLAST系统用于所有的BLAST搜索。
PSI-BLAST — 位点特异迭代BLAST — 用蛋白查询来搜索蛋白数据库的一个程序。所有被BLAST发现的统计有效的对齐被总和起来形成一个多次对齐，从这个对齐，一个位置特异的分值矩阵建立起 来。这个矩阵被用来搜索数据库，以找到额外的显著对齐，这个过程可能被反复迭代一直到没有新的对齐可以被发现。
PHI-BLAST — 模式发现迭代BLAST — 用蛋白查询来搜索蛋白数据库的一个程序。仅仅找出那些查询序列中含有的特殊模式的对齐。
BLAST两个序列 — 一个基于BLAST的工具，对齐两个核酸或蛋白的序列，产生一个成对的DNA-DNA或蛋白—蛋白序列比较。
IgBLAST —IgBLAST被开发出来以便于分析在GenBank中的免疫球蛋白的序列。它允许用blastp或blastn来搜索nr数据库或一个由免疫球蛋白生 殖系变化区基因的特殊的数据库。搜索可以限制在人类或小鼠的基因。IgBLAST执行三个主要的功能：1）报告与查询序列最相似的可变，D，或J区，2） 根据Kabat et al.来注解免疫球蛋白domains（从FWR1到FWR3），3）对于搜索核酸或蛋白nr数据库，通过匹配IgBLAST的发现和最接近的生殖系变化 区基因来简化识别相关序列的过程。
PowerBLAST —PowerBLAST是一个程序，允许对非常长的序列进行快速的gapped BLAST搜索，它把序列分割开，对每个部分搜索，然后把结果组装起来。包含在Sequin中的PowerBlast版本使用了新的强大的gapped BLAST算法，过滤和物种特异的输出特点还仍旧保留。
BLAST E-mail服务器 — 基于e-mail的序列相似搜索服务，接受FASTA格式的核酸或蛋白序列。如果要获得帮助文件，给blast@ncbi.nlm.nih.gov写一封只有内容为HELP的E-Mail。
网络BLAST — 一个WWW Entrez基于TCP/IP的客户-服务器版本。直接通过Internet来连接NCBI的数据库来检索数据。有PC，Mac，Unix，版本的客户软件。
单独的BLAST — 下载可用于本地执行使用的BLAST。二进制版本有IRIX 6.2, Solaris 2.6, DEC OSF1 (ver. 4.0d), Linux, 和 Win32系统。BLAST数据库同样可以下载。
专门的BLAST页面
BLAST人类染色体 — 人类染色体测序页面的一部分。
BLAST against Drosophila melanogaster genome sequence – see additional information on the Drosophila genome above.
BLAST against dbSNP – additional information about dbSNP is above.
Microbial Genomes BLAST Databases – BLAST against finished and unfinished microbial genomes.
BLAST against P. falciparum only, all Plasmodium, or all Toxoplasma in GenBank
BLAST against P. falciparum 3D7 Genome Project finished and unfinished sequences
序列分析
BLAST — 见上
VecScreen — 一个工具，在序列分析和提交之前用来确定一个核酸序列是否有载体，接头或连结序列。VecScreen被开发来对付公开数据库中的载体污染问题。在开始进 行任何一种序列分析前把序列用VecScreen检查一下都是有用的，因为在序列中存在载体序列可能会导致错误的BLAST结果。
本文详细出处参考：http://liucheng.name/306/
Score:评分 Query coverage：序列覆盖度 E value：随机匹配的可能性 Max Ident：最大序列相似度
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