RNA-seq :TopHat2 + Cufflinks分析流程： 1、测序数据质量控制：fastqc软件 1）使用方法：/life/rjian/software/fastQC/FastQC/fastqc -o /life/rjian/data/liyan/filename_fastqc \filename.fq >>filename.log 2）参数说明：-o:输出文件所在目录，并且是已经存在的目录,如：filename_fastqc –noextract:不解压缩输出文件 最后加上fastq文件：filename.fq;重定向结果到日志文件：filename.log,以便查看。 filename:表示是一个样品的一个生物学重复,一般有多个样品，每个样品有多个重复，如：C1_R1; 如果是双端测序则后面会加上数字，如：filename_1.fq和filename_2.fq
2、reads trim工具——trimmomatic 1)使用方法：java -jar /life/rjian/software/Trimmomatic-0.32/trimmomatic-0.32.jar SE -threads 5 \-phred33 -trimlog filename_trimmomatic.log filename.fq filename_out.fq ILLUMINACLIP:adapter.fa:2:30:10 \SLIDINGWINDOW:4:15 MINLEN:36 2)参数说明：SE：指定单端测序，PE：双端测序 -threads:指定线程数 -phred33:指定fastq文件的质量格式，或者：-phred64 -trimlog:指定日志文件，后加上输入和输出文件 ILLUMINACLIP:adapter.fa:2:30:10 ：adapter.fa为adapter文件，2:允许的最大mismatch 数，30:palindrome模式下匹配碱基数阈值,10:simple模式下的匹配碱基数阈值 SLIDINGWINDOW:4:15 MINLEN:36 :滑动窗口的size是4个碱基，其平均碱基质量小于15，则切除。 MINLEN:36 ：最低reads长度为36 3、bowtie2建立参考基因组的索引——bowtie2-build 1）使用方法： bowtie2-build <要生成的索引文件前缀名>；比如： nohup /home/cuckoo/software/bowtie2-2.2.3/bowtie2-build genome.fa bowtie2index/genome>>bowtie2.log & 2）参数说明：genome.fa是fasta文件； […]
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