ubuntu 9.10 下安装glimmer3失败及其解决办法

(1)安装前，先修改src/Common下第26行#include <string> 为 #include <cstring>；再make，可是仍然会产生以下错误
* Make Target is  all
#####    Making Directory  /usr/local/glimmer3.02/src/Common   all  #####
make[1]: 正在进入目录 `/usr/local/glimmer3.02/src/Common’
@@@@@@@@@@@@@@@@@@@  delcher.cc @@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@
@@@@@@@@@@@@@@@@@@@  fasta.cc @@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@
@@@@@@@@@@@@@@@@@@@  gene.cc @@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@
gene.cc: In member function ‘void PWM_t::Print(FILE*)’:
gene.cc:263: warning: deprecated conversion from string constant to ‘char*’
gene.cc: In function ‘int Char_Sub(char)’:
gene.cc:448: error: invalid conversion from ‘const char*’ to ‘char*’
make[1]: *** [gene.o] 错误 1
make[1]:正在离开目录 `/usr/local/glimmer3.02/src/Common’
#####    Making Directory  /usr/local/glimmer3.02/src/ICM   all  #####
make[1]: 正在进入目录 `/usr/local/glimmer3.02/src/ICM’
@@@@@@@@@@@@@@@@@@@  icm.cc @@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@
icm.cc: In function ‘int Subscript(char)’:
icm.cc:1986: error: invalid conversion from ‘const char*’ to ‘char*’
make[1]: *** [icm.o] 错误 1
make[1]:正在离开目录 `/usr/local/glimmer3.02/src/ICM’
#####    Making Directory  /usr/local/glimmer3.02/src/Glimmer   all  #####
make[1]: 正在进入目录 `/usr/local/glimmer3.02/src/Glimmer’
@@@@@@@@@@@@@@@@@@@  anomaly.cc @@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@
anomaly.cc: In function ‘int main(int, char**)’:
anomaly.cc:82: warning: suggest parentheses around ‘&&’ within ‘||’
@@@@@@@@@@@@@@@@@@@  glimmer3.cc @@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@
@@@@@@@@@@@@@@@@@@@  long-orfs.cc @@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@
@@@@@@@@@@@@@@@@@@@  test.cc @@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@
make[1]: *** 没有规则可以创建“anomaly”需要的目标“libGLMcommon.a”。 停止。
make[1]:正在离开目录 `/usr/local/glimmer3.02/src/Glimmer’
#####    Making Directory  /usr/local/glimmer3.02/src/Util   all  #####
make[1]: 正在进入目录 `/usr/local/glimmer3.02/src/Util’
@@@@@@@@@@@@@@@@@@@  entropy-profile.cc @@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@
@@@@@@@@@@@@@@@@@@@  entropy-score.cc @@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@
@@@@@@@@@@@@@@@@@@@  extract.cc @@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@
@@@@@@@@@@@@@@@@@@@  multi-extract.cc @@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@
@@@@@@@@@@@@@@@@@@@  start-codon-distrib.cc @@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@
@@@@@@@@@@@@@@@@@@@  uncovered.cc @@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@
@@@@@@@@@@@@@@@@@@@  window-acgt.cc @@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@
make[1]: *** 没有规则可以创建“entropy-profile”需要的目标“libGLMcommon.a”。 停止。
make[1]:正在离开目录 `/usr/local/glimmer3.02/src/Util’
* Make Target is  all
#####    Making Directory  /usr/local/glimmer3.02/src/Common   all  #####
make[1]: 正在进入目录 `/usr/local/glimmer3.02/src/Common’
@@@@@@@@@@@@@@@@@@@  gene.cc @@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@
gene.cc: In member function ‘void PWM_t::Print(FILE*)’:
gene.cc:263: warning: deprecated conversion from string constant to ‘char*’
gene.cc: In function ‘int Char_Sub(char)’:
gene.cc:448: error: invalid conversion from ‘const char*’ to ‘char*’
make[1]: *** [gene.o] 错误 1
make[1]:正在离开目录 `/usr/local/glimmer3.02/src/Common’
#####    Making Directory  /usr/local/glimmer3.02/src/ICM   all  #####
make[1]: 正在进入目录 `/usr/local/glimmer3.02/src/ICM’
@@@@@@@@@@@@@@@@@@@  icm.cc @@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@
icm.cc: In function ‘int Subscript(char)’:
icm.cc:1986: error: invalid conversion from ‘const char*’ to ‘char*’
make[1]: *** [icm.o] 错误 1
make[1]:正在离开目录 `/usr/local/glimmer3.02/src/ICM’
#####    Making Directory  /usr/local/glimmer3.02/src/Glimmer   all  #####
make[1]: 正在进入目录 `/usr/local/glimmer3.02/src/Glimmer’
make[1]: *** 没有规则可以创建“anomaly”需要的目标“libGLMcommon.a”。 停止。
make[1]:正在离开目录 `/usr/local/glimmer3.02/src/Glimmer’
#####    Making Directory  /usr/local/glimmer3.02/src/Util   all  #####
make[1]: 正在进入目录 `/usr/local/glimmer3.02/src/Util’
make[1]: *** 没有规则可以创建“entropy-profile”需要的目标“libGLMcommon.a”。 停止。
make[1]:正在离开目录 `/usr/local/glimmer3.02/src/Util’
* Make Target is  all
#####    Making Directory  /usr/local/glimmer3.02/src/Common   all  #####
make[1]: 正在进入目录 `/usr/local/glimmer3.02/src/Common’
@@@@@@@@@@@@@@@@@@@  gene.cc @@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@
gene.cc: In member function ‘void PWM_t::Print(FILE*)’:
gene.cc:263: warning: deprecated conversion from string constant to ‘char*’
gene.cc: In function ‘int Char_Sub(char)’:
gene.cc:448: error: invalid conversion from ‘const char*’ to ‘char*’
make[1]: *** [gene.o] 错误 1
make[1]:正在离开目录 `/usr/local/glimmer3.02/src/Common’
#####    Making Directory  /usr/local/glimmer3.02/src/ICM   all  #####
make[1]: 正在进入目录 `/usr/local/glimmer3.02/src/ICM’
@@@@@@@@@@@@@@@@@@@  icm.cc @@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@
icm.cc: In function ‘int Subscript(char)’:
icm.cc:1986: error: invalid conversion from ‘const char*’ to ‘char*’
make[1]: *** [icm.o] 错误 1
make[1]:正在离开目录 `/usr/local/glimmer3.02/src/ICM’
#####    Making Directory  /usr/local/glimmer3.02/src/Glimmer   all  #####
make[1]: 正在进入目录 `/usr/local/glimmer3.02/src/Glimmer’
make[1]: *** 没有规则可以创建“anomaly”需要的目标“libGLMcommon.a”。 停止。
make[1]:正在离开目录 `/usr/local/glimmer3.02/src/Glimmer’
#####    Making Directory  /usr/local/glimmer3.02/src/Util   all  #####
make[1]: 正在进入目录 `/usr/local/glimmer3.02/src/Util’
make[1]: *** 没有规则可以创建“entropy-profile”需要的目标“libGLMcommon.a”。 停止。
make[1]:正在离开目录 `/usr/local/glimmer3.02/src/Util’

(2)别着急，对着错误提示，分别打开并编辑出错的两个文件gene.cc;icm.cc；在错误地方的char前面加上const，然后在make，一切OK。
* Make Target is  all
#####    Making Directory  /usr/local/glimmer3.02/src/Common   all  #####
make[1]: 正在进入目录 `/usr/local/glimmer3.02/src/Common’
make[1]:正在离开目录 `/usr/local/glimmer3.02/src/Common’
make[1]: 正在进入目录 `/usr/local/glimmer3.02/src/Common’
@@@@@@@@@@@@@@@@@@@  delcher.cc @@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@
@@@@@@@@@@@@@@@@@@@  fasta.cc @@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@
@@@@@@@@@@@@@@@@@@@  gene.cc @@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@
###################  libGLMcommon.a #####################
ar: creating /usr/local/glimmer3.02/lib/libGLMcommon.a
a – delcher.o
a – fasta.o
a – gene.o
make[1]:正在离开目录 `/usr/local/glimmer3.02/src/Common’
#####    Making Directory  /usr/local/glimmer3.02/src/ICM   all  #####
make[1]: 正在进入目录 `/usr/local/glimmer3.02/src/ICM’
make[1]:正在离开目录 `/usr/local/glimmer3.02/src/ICM’
make[1]: 正在进入目录 `/usr/local/glimmer3.02/src/ICM’
@@@@@@@@@@@@@@@@@@@  icm.cc @@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@
@@@@@@@@@@@@@@@@@@@  build-icm.cc @@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@
@@@@@@@@@@@@@@@@@@@  build-fixed.cc @@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@
@@@@@@@@@@@@@@@@@@@  score-fixed.cc @@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@
###################  libGLMicm.a #####################
ar: creating /usr/local/glimmer3.02/lib/libGLMicm.a
a – icm.o
a – build-icm.o
a – build-fixed.o
a – score-fixed.o
++++++++++++++++++++  build-icm ++++++++++++++++++++++
++++++++++++++++++++  build-fixed ++++++++++++++++++++++
++++++++++++++++++++  score-fixed ++++++++++++++++++++++
make[1]:正在离开目录 `/usr/local/glimmer3.02/src/ICM’
#####    Making Directory  /usr/local/glimmer3.02/src/Glimmer   all  #####
make[1]: 正在进入目录 `/usr/local/glimmer3.02/src/Glimmer’
@@@@@@@@@@@@@@@@@@@  anomaly.cc @@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@
anomaly.cc: In function ‘int main(int, char**)’:
anomaly.cc:82: warning: suggest parentheses around ‘&&’ within ‘||’
@@@@@@@@@@@@@@@@@@@  glimmer3.cc @@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@
@@@@@@@@@@@@@@@@@@@  long-orfs.cc @@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@
@@@@@@@@@@@@@@@@@@@  test.cc @@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@
++++++++++++++++++++  anomaly ++++++++++++++++++++++
++++++++++++++++++++  glimmer3 ++++++++++++++++++++++
++++++++++++++++++++  long-orfs ++++++++++++++++++++++
++++++++++++++++++++  test ++++++++++++++++++++++
make[1]:正在离开目录 `/usr/local/glimmer3.02/src/Glimmer’
#####    Making Directory  /usr/local/glimmer3.02/src/Util   all  #####
make[1]: 正在进入目录 `/usr/local/glimmer3.02/src/Util’
@@@@@@@@@@@@@@@@@@@  entropy-profile.cc @@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@
@@@@@@@@@@@@@@@@@@@  entropy-score.cc @@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@
@@@@@@@@@@@@@@@@@@@  extract.cc @@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@
@@@@@@@@@@@@@@@@@@@  multi-extract.cc @@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@
@@@@@@@@@@@@@@@@@@@  start-codon-distrib.cc @@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@
@@@@@@@@@@@@@@@@@@@  uncovered.cc @@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@
@@@@@@@@@@@@@@@@@@@  window-acgt.cc @@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@
++++++++++++++++++++  entropy-profile ++++++++++++++++++++++
++++++++++++++++++++  entropy-score ++++++++++++++++++++++
++++++++++++++++++++  extract ++++++++++++++++++++++
++++++++++++++++++++  multi-extract ++++++++++++++++++++++
++++++++++++++++++++  start-codon-distrib ++++++++++++++++++++++
++++++++++++++++++++  uncovered ++++++++++++++++++++++
++++++++++++++++++++  window-acgt ++++++++++++++++++++++
make[1]:正在离开目录 `/usr/local/glimmer3.02/src/Util’
* Make Target is  all
#####    Making Directory  /usr/local/glimmer3.02/src/Common   all  #####
make[1]: 正在进入目录 `/usr/local/glimmer3.02/src/Common’
make[1]: 没有什么可以做的为 `all’。
make[1]:正在离开目录 `/usr/local/glimmer3.02/src/Common’
#####    Making Directory  /usr/local/glimmer3.02/src/ICM   all  #####
make[1]: 正在进入目录 `/usr/local/glimmer3.02/src/ICM’
make[1]: 没有什么可以做的为 `all’。
make[1]:正在离开目录 `/usr/local/glimmer3.02/src/ICM’
#####    Making Directory  /usr/local/glimmer3.02/src/Glimmer   all  #####
make[1]: 正在进入目录 `/usr/local/glimmer3.02/src/Glimmer’
make[1]: 没有什么可以做的为 `all’。
make[1]:正在离开目录 `/usr/local/glimmer3.02/src/Glimmer’
#####    Making Directory  /usr/local/glimmer3.02/src/Util   all  #####
make[1]: 正在进入目录 `/usr/local/glimmer3.02/src/Util’
make[1]: 没有什么可以做的为 `all’。
make[1]:正在离开目录 `/usr/local/glimmer3.02/src/Util’
* Make Target is  all
#####    Making Directory  /usr/local/glimmer3.02/src/Common   all  #####
make[1]: 正在进入目录 `/usr/local/glimmer3.02/src/Common’
make[1]: 没有什么可以做的为 `all’。
make[1]:正在离开目录 `/usr/local/glimmer3.02/src/Common’
#####    Making Directory  /usr/local/glimmer3.02/src/ICM   all  #####
make[1]: 正在进入目录 `/usr/local/glimmer3.02/src/ICM’
make[1]: 没有什么可以做的为 `all’。
make[1]:正在离开目录 `/usr/local/glimmer3.02/src/ICM’
#####    Making Directory  /usr/local/glimmer3.02/src/Glimmer   all  #####
make[1]: 正在进入目录 `/usr/local/glimmer3.02/src/Glimmer’
make[1]: 没有什么可以做的为 `all’。
make[1]:正在离开目录 `/usr/local/glimmer3.02/src/Glimmer’
#####    Making Directory  /usr/local/glimmer3.02/src/Util   all  #####
make[1]: 正在进入目录 `/usr/local/glimmer3.02/src/Util’
make[1]: 没有什么可以做的为 `all’。
make[1]:正在离开目录 `/usr/local/glimmer3.02/src/Util’
(3)不用理会“make[1]: 没有什么可以做的为 `all’。“！！