STAMP (Statistical Analysis of Metagenomic Profiles)

STAMP

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Using STAMP to identify SEED subsystems which are differentially abundant between CandidatusAccumulibacter phosphatis sequences obtained from a pair of enhanced biological phosphorus removal (EBPR) sludge metagenomes(data originally described in Parks and Beiko, 2010).

STAMP (Statistical Analysis of Metagenomic Profiles) is a software package for analyzing metagenomic profiles (e.g., a taxonomic profile indicating the number of marker genes assigned to different taxonomic units or a functional profile indicating the number of sequences assigned to different biological subsystems or pathways) that promotes ‘best practices’ in choosing appropriate statistical techniques and reporting results. It encourages the use of effect sizes and confidence intervals in assessing biological importance. A user friendly, graphical interface permits easy exploration of statistical results and generation of publication quality plots for inferring the biological relevance of features in a metagenomic profile. STAMP is open source, extensible via a plugin framework, and available for all major platforms.

Announcements

  • Mar. 6, 2014: STAMP v2.0.2 released. Adds support for BIOM profiles including those generated by PICRUSt andQIIME.
  • Feb. 9, 2014: STAMP v2.0.1 released. Adds heatmap plot. Fixes bug in multi-group plots causing DP values to be scaled by an 100.
  • Sept. 2, 2013: OS X user may be experiencing problems running STAMP due to a bug in the latest version of matplotlib. Click here for details.
  • May 24, 2012: STAMP v2.0.0 (release candidate 6) released. Improved handling of degenerate cases and unclassified taxa in STAMP profiles.
  • Previous announcements

Mailing list

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Documentation

Downloads

Please uninstall previous versions of STAMP before installing a new release.

Examples

Citing STAMP

If you use STAMP in your research, please cite:

Parks, D.H. and Beiko, R.G. (2010). Identifying biologically relevant differences between metagenomic communities. Bioinformatics, 26, 715-721. (Abstract)

Contact Information

STAMP is in active development and we are interested in discussing all potential applications of this software. We encourage you to send us suggestions for new features. Suggestions, comments, and bug reports can be sent to Rob Beiko (beiko [at] cs.dal.ca). If reporting a bug, please provide as much information as possible and a simplified version of the data set which causes the bug. This will allow us to quickly resolve the issue.

Funding

The development and deployment of STAMP has been supported by several organizations:

1 comment to STAMP (Statistical Analysis of Metagenomic Profiles)

  • Les chauffeurs commerciaux sont pay au rendement et vous font des allers et retours,
    du nord au sud, sans d des moyennes hallucinantes.
    De telles prouesses automobiles reposent trop souvent sur l’ingestion de
    ya ma [ litt rem de cheval, autrement dit amph qui portent la r 1’euphorie et la pr jusqu’au retour du balancier et la disparition brutale des r Et c’est l o 1e camion de quarante tonnes s’empl cent vingt l’heure 1e bus des p surcharg et aussi press dans l’autre sens. Les effets sont la hauteur de l’ cin d ce tableau de chasse, la moto a aussi une responsabilit le port du casque n’est pas obligatoire, comme contraire au respect des libert individuelles, et 1e nombre de passagers n’est pas limit papa, maman, deux enfants et un gros sac de riz sur la moto sont vision courante.
    Une sorte d’organisation de la rebellion, probablement manipulée par des occidentaux, des saoudiens et des quataris, s’est constituée à laquelle les occidentaux tentent de s’adresser pour en faire une alternative au régime de Assad.
    Il faut encore noter que la presse occidentale accepte depuis peu de révéler les axactions auxquelles se livrent les rebelles. Certains occidentaux ont cru malins de distinguer dans la rébellion en Syrie entre les “républicains” très fréquentables et reçus avec les honneurs par le régime hollandiste d'”affreux” jihadistes sans foi ni loi. Il s’avère que les deux partis séparés par les belles âmes à New York ou Paris utilisent absolument les mêmes méthodes et ont le même objectif : établir un régime islamiste totalitaire sur la Syrie laïque de Bachar El Assad, pourtant lâché par les Occidentaux.
    Voici tout ce qu’il faut savoirle 20 mars à 09h44C’est le jour J pour l’éclipse de soleil.
    C’est souvent à la base du crâne que se concentrent les tensions nerveuses. En détendant la face et le crâne on va avoir un effet de relaxation global sur le corps, avec une sensation de détente, une meilleure circulation du sang et une bonne oxygénation de l’organisme. Cette popularité s’expliquerait surtout par le succès de femmes kick boxeuses.
    L’admission est aussi difficile obtenir qu’un brevet royal, car la seule fortune ne compte pas: le club est richissime, car il g le monopole des paris sur les courses de chevaux.

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