BS 是公開源代碼的作業管理系統，在此環境下運行，用戶不需要指定程序在哪些節點上運行，程序 所需的硬件資源由PBS 管理和分配。 1、PBS 命令 PBS 提供4 條命令用於作業管理。 (1) qsub 命令—用於提交作業腳本 命令格式： qsub [-a date_time] [-c interval] [-C directive_prefix] [-e path] [-I] [-j join] [-k keep] [-l resource_list] [-m mail_options] [-M user_list][-N name] [-o path] [-p priority] [-q destination] [-r c] [-S path_list] [-u user_list][-v variable_list] [-V] [-W additional_attributes] [-z] [script] 參數說明：因為所采用的選項一般放在pbs 腳本中提交，所以具體見PBS 腳本選項。 […]
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method1: dic = {} keys= dic.keys() keys.sort() for key in keys: print dic[key]
method2: for key in sorted(write_list_hash.keys()): print write_list_hash[key] BlastOutput.iterations.E. Invalid value(s) [9] in VisibleString [AGO_S073922.1_geneid.geneid 2 exon (s) 261 – 281 6 aa, chain – incompleted …] [blastall] ERROR: 20110903163100/t1.fna.blast.m7Output BlastOutput.iterations.E. Invalid value(s) [9] in VisibleString [AGO_S020563.1_geneid.geneid 2 exon (s) 1646 – 1669 6 aa, chain + incompleted …] [blastall] ERROR: 20110903163100/t1.fna.blast.m7Output BlastOutput.iterations.E. Invalid value(s) [9] in VisibleString [AGO_S075634.1_geneid.geneid 2 exon (s) 252 […] Linux System Administration Author: Roc Zhou Date: 21 Aug 2010 This project is goning to move to: New Project Site (http://saunit.sourceforge.net) New Project Blog (http://saunit.sourceforge.net/blog) 基本系统管理 Linux Software RAID 为何使用 Software RAID 安装方案、实现和测试 DNS/Bind9 配置新拿到的域名 为南北双线配置”变态” DNS 南北双线 squid 加速 MySQL Bind 体系结构 文件系统备份和镜像 AA Center, Kerberos AA 基本描述 基本配置和测试 pam_kerb5 login 和 accounts information […] sed ‘/NUCMER/’d Kall_usnused.delta > Kall_usnused.delta1 sed ‘/MD0\/work/’d Kall_usnused.delta1 > Kall_usnused.delta2 cat – all.delta.filter2 <<< “NUCMER” > all.delta.filter3 cat – all.delta.filter3 <<< “/MD0/work/aphis_phrap/aphisfinish_K31_up200.fna /MD0/work/aphis_phrap/20110718105830/t10.fna ” > all.delta.filter4 show-coords -clorH 454AllContigs_s_unal1_378.contigs.delta.filter > 454AllContigs_s_unal1_378.contigs.delta.filter.cootds3 ./get_phrap_pair.py -i total.coords3 -j total.aphis.fna -o aphis.pair.info & ./singleLinkageClustering.pl aphis.pair.info aphis.pair.info.clus ./split_clus_file.pl <dir> <clus_file> <total_contigfile> <clus_splitsize> step1:通过mothur 中的summary.seqs 可以很方便获取长度分布信息 mothur > summary.seqs(fasta=AMIgene_11a.pep) Start End NBases Ambigs Polymer NumSeqs Minimum: 1 20 20 16 4 1 2.5%-tile: 1 55 55 42 8 35 25%-tile: 1 144 144 112 14 350 Median: 1 242 242 189 17 699 75%-tile: 1 380 380 293 21 1048 97.5%-tile: 1 828 828 646 33 1363 Maximum: […] |
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