小生这厢有礼了(BioFaceBook Personal Blog)

“基于Vegan 软件包的生态学数据排序分析 赖江山 米湘成 (中国科学院植物研究所植被与环境变化国家重点实验室，北京 100093) 摘要：群落学数据一般是多维数据，例如物种属性或环境因子的属性。多元统计分析是群落生态学常用的分析方法，排序（ordination）是多元统计最常用的方法之一。CANOCO是广泛使用的排序软件，但缺点是商业软件价格不菲，版本更新速度也很慢。近年来，R语言以其灵活、开放、易于掌握、免费等诸多优点，在生态学和生物多样性研究领域迅速赢得广大研究人员的青睐。R语言中的外在软件包“Vegan”是专门用于群落生态学分析的工具。Vegan能够提供所有基本的排序方法，同时具有生成精美排序图的功能，版本更新很快。我们认为Vegan包完全可以取代CANOCO，成为今后排序分析的首选统计工具。本文首先简述排序的原理和类型，然后介绍Vegan的基本信息和下载安装过程，最后以古田山24公顷样地内随机抽取40个20m×20m的样方为例，展示Vegan包内各种常用排序方法（PCA,RDA,CA和CCA）和排序图生成过程，希望能为R的初学者尽快熟悉并利用Vegan包进行排序分析提供参考。

gtsdata

gtsenv.txt

赖江山.pdf

> setwd(“/winxp_disk2/shenzy/R/Vegan”) > gtsdata=read.table(“gtsdata.txt”, header=T) > gtsenv=read.table(“gtsenv.txt”, header=T) > install.packages(“vegan”) Installing package(s) into ‘/home/shenzy/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/2.15’ (as ‘lib’ is unspecified) 试开URL’http://cran.csiro.au/src/contrib/vegan_2.0-4.tar.gz’ Content type ‘application/x-gzip’ length 1576584 bytes (1.5 Mb) 打开了URL ================================================== downloaded 1.5 Mb * installing *source* package ‘vegan’ … ** 成功将‘vegan’程序包解包并MD5和检查 ** libs gfortran -fpic -O3 […]