小生这厢有礼了(BioFaceBook Personal Blog)

## load the libraries required library(made4) require(graphics) library(cluster) library(stats)

#### read data in from a comma-delimited file with header array_data<-read.csv(“Overall_Outsidetreat_sort_top100.csv”,header=T, row.names=1, check.names=T) ## array_data is a data frame type ## rows are taxa_strings and columns are samples

# now transpose rows and columns # array_data<-t(array_data) ## now rows are chips and columns are taxa

dim(array_data) […]

R当中的坐标中断一般都使用plotrix库中的axis.break(), gap.plot(), gap.barplot(), gap.boxplot()等几个函数来实现，例：

gap plot

> library(plotrix) > opar<-par(mfrow=c(3,2)) > plot(sample(5:7,20,replace=T),main=”Axis break test”,ylim=c(2,8)) > axis.break(axis=2,breakpos=2.5,style=”gap”) > axis.break(axis=2,breakpos=3.5,style=”slash”) > axis.break(axis=2,breakpos=4.5,style=”zigzag”) > twogrp<-c(rnorm(5)+4,rnorm(5)+20,rnorm(5)+5,rnorm(5)+22) > gap.plot(twogrp,gap=c(8,16,25,35), + xlab=”X values”,ylab=”Y values”,xlim=c(1,30),ylim=c(0,25), + main=”Test two gap plot with the lot”,xtics=seq(0,30,by=5), + ytics=c(4,6,18,20,22,38,40,42), + lty=c(rep(1,10),rep(2,10)), + pch=c(rep(2,10),rep(3,10)), + col=c(rep(2,10),rep(3,10)), + type=”b”) > gap.plot(21:30,rnorm(10)+40,gap=c(8,16,25,35),add=TRUE, + lty=rep(3,10),col=rep(4,10),type=”l”) > gap.barplot(twogrp,gap=c(8,16),xlab=”Index”,ytics=c(3,6,17,20), + ylab=”Group values”,main=”Barplot […]

一，布局

Ｒ绘图所占的区域，被分成两大部分，一是外围边距，一是绘图区域。

外围边距可使用par()函数中的oma来进行设置。比如oma=c(4,3,2,1)，就是指外围边距分别为下边距：4行，左边距3行，上边距2行，右边距1行。很明显这个设置顺序是从x轴开始顺时针方向。这里的行是指可以显示1行普通字体。所以当我们使用mtext中的line参数时，设置的大小就应该是[0,行数)的开区间。当我们使用mtext在外围边距上书写内容时，设置mtext中的outer=TRUE即可。

绘图区域可使用par()函数中的mfrow, mfcol来进行布局。mfrow和mfcol可以使用绘图区域被区分为多个区域。默认值为mfrow(1,1)。

比如mfrow(2,3)就是指将绘图区域分成2行3列，并按行的顺序依次绘图填充； 比如mfcol(3,2)就是指将绘图区域分成3行2列，并按列的顺序依次绘图填充；

我们将每一个细分的绘图区域分为两个部分，一是绘图边距，一是主绘图。

绘图边距需要容纳的内容有坐标轴，坐标轴标签，标题。通常来讲，我们都只需要一个x轴，一个y轴，所以在设置时，一般的下边距和左边距都会大一些。如果多个x轴或者y轴，才考虑将上边距或者右边距放大一些。绘图边距可以使用par()函数中mar来设置。比如mar=c(4,3,2,1)，与外围边距的设置类似，是指绘图边距分别为下边距：4行，左边距3行，上边距2行，右边距1行。很明显这个设置顺序是从x轴开始顺时针方向。行的概念与之前的相同。也可以使用mai来设置。mai与mar唯一不同之处在于mai不是以行为单位，而是以inch为单位。

SOUTH<-1; WEST<-2; NORTH<-3; EAST<-4; GenericFigure <- function(ID, size1, size2) { plot(0:10, 0:10, type=”n”, xlab=”X”, ylab=”Y”) text(5,5, ID, col=”red”, cex=size1) box(“plot”, col=”red”) mtext(paste(“cex”,size2,sep=””), SOUTH, line=3, adj=1.0, cex=size2, col=”blue”) title(paste(“title”,ID,sep=””)) } MultipleFigures <- function() { GenericFigure(“1″, 3, 0.5) box(“figure”, lty=”dotted”, col=”blue”) GenericFigure(“2″, 3, 1) box(“figure”, lty=”dotted”, col=”blue”) GenericFigure(“3″, […]