生物資訊教學
生物資訊是一門整合生命科學與電腦科學的跨領域研究。此Wiki由【計算生物學】與【生物資訊演算法】之修課學生，國立中正大學生物資訊實驗室同學，與指導老師黃耀廷博士所共同編寫。生物資訊之背景知識，涵蓋部份生物、遺傳、統計、與演算法之背景知識，可分以下子課題介紹：
生命科學 遺傳演化 生物統計 生物資訊演算法 Assembly Tool: 沒有參考基因體(Reference Genome)的物種(例如，鴿子、蓮霧)，定序完必須把破碎的序列重組出一條參考基因體。 Assembly Tools: de bruijn graph assemblers: Velvet、Euler-SR、SOAPdenovo、ABySS、CLCBio Overlap-graph assemblers: MIRA、AMOS package Scaffolder: SOAPdenovo, SSPACE, Bambus, IMAGE2. Gene Prediction Gene Ontology Annotation Alignment Tool: 已經有參考基因體的物種(例如，人類、稻米)，定序完可以直接把序列對回去(Align)參考基因體。 Short read alignment: BOWTIE、BWA、Bfast、SOAPaligner、MAQ Alignment檔案處理: SAMTools、Tabix for range query、Split Bam、挑出成對序列 Local realignment for small indels: SAMTools、GATK Long read alignment: BLAT、BLAST使用範例、wwwblast安裝設定、Lastz […]
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