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在之前的一节当中，图型名称有些混乱，从这一节开始将做如下统一（不全面）： 英文名称 中文名称 bar 条形图 line 线图 area 面积图 pie 饼图 high-low 高低图 pareto 帕累托图 control 控制图 boxplot 箱线图 error bar 误差条图 scatter 散点图 P-P P-P正态概率图 Q-Q Q-Q正态概率图 sequence 序列图 ROC Curve ROC分类效果曲线图 Time Series 时间序列图 好了，言归正传。那么什么又是点柱图(dot histogram)呢？之前我又称之为蜂群图(beeswarm)。还有称之为抖点图(jitter plots)。总之无论如何，在糗世界里我都称之为点柱图吧。 我们先看点柱图效果： 点柱图 以下是代码 > require(beeswarm) > data(breast) > head(breast) ER ESR1 ERBB2 time_survival event_survival 100.CEL.gz neg […] 一，布局 Ｒ绘图所占的区域，被分成两大部分，一是外围边距，一是绘图区域。 外围边距可使用par()函数中的oma来进行设置。比如oma=c(4,3,2,1)，就是指外围边距分别为下边距：4行，左边距3行，上边距2行，右边距1行。很明显这个设置顺序是从x轴开始顺时针方向。这里的行是指可以显示1行普通字体。所以当我们使用mtext中的line参数时，设置的大小就应该是[0,行数)的开区间。当我们使用mtext在外围边距上书写内容时，设置mtext中的outer=TRUE即可。 绘图区域可使用par()函数中的mfrow, mfcol来进行布局。mfrow和mfcol可以使用绘图区域被区分为多个区域。默认值为mfrow(1,1)。 比如mfrow(2,3)就是指将绘图区域分成2行3列，并按行的顺序依次绘图填充； 比如mfcol(3,2)就是指将绘图区域分成3行2列，并按列的顺序依次绘图填充； 我们将每一个细分的绘图区域分为两个部分，一是绘图边距，一是主绘图。 绘图边距需要容纳的内容有坐标轴，坐标轴标签，标题。通常来讲，我们都只需要一个x轴，一个y轴，所以在设置时，一般的下边距和左边距都会大一些。如果多个x轴或者y轴，才考虑将上边距或者右边距放大一些。绘图边距可以使用par()函数中mar来设置。比如mar=c(4,3,2,1)，与外围边距的设置类似，是指绘图边距分别为下边距：4行，左边距3行，上边距2行，右边距1行。很明显这个设置顺序是从x轴开始顺时针方向。行的概念与之前的相同。也可以使用mai来设置。mai与mar唯一不同之处在于mai不是以行为单位，而是以inch为单位。 SOUTH<-1; WEST<-2; NORTH<-3; EAST<-4; GenericFigure <- function(ID, size1, size2) { plot(0:10, 0:10, type=”n”, xlab=”X”, ylab=”Y”) text(5,5, ID, col=”red”, cex=size1) box(“plot”, col=”red”) mtext(paste(“cex”,size2,sep=””), SOUTH, line=3, adj=1.0, cex=size2, col=”blue”) title(paste(“title”,ID,sep=””)) } MultipleFigures <- function() { GenericFigure(“1″, 3, 0.5) box(“figure”, lty=”dotted”, col=”blue”) GenericFigure(“2″, 3, 1) box(“figure”, lty=”dotted”, col=”blue”) GenericFigure(“3″, […] def stdDeviation(a): l=len(a) m=sum(a)/l d=0 for i in a: d+=(i-m)**2 return (d*(1/l))**0.5 a=[5,6,8,9] print(stdDeviation(a)) ======== 1.5811388300841898 Originally Posted by prabhatsoni When I mount it by giving “mount -t vfat -o rw /dev/sdb1 /media/disk”, it mounts. But again when I try to delete a file, It gives the error “read-only file system”. Give the mount command w/o any options a see whether it says it is mounted ro. If so, check […] An R package Suite for Microarray Meta-analysis in Quality Control, Differentially Expressed Gene Analysis and Pathway Enrichment Detection Abstract Summary: With the rapid advances and prevalence of high-throughput genomic technologies, integrating information of multiple relevant genomic studies has brought new challenges. Microarray meta-analysis has become a frequently used tool in biomedical research. Little effort, […] gcc -std=gnu99 -shared -o vegan.so cepin.o data2hill.o decorana.o goffactor.o monoMDS.o nestedness.o ordering.o pnpoly.o stepacross.o vegdist.o -lgfortran -lm -lquadmath -L/usr/lib/R/lib -lR /usr/bin/ld: cannot find -lgfortran collect2: ld returned 1 exit status make: *** [vegan.so] Error 1 After installing libgfortran3, you should rename libgfortran.so.3 to libgfortran.so mv /usr/lib/libgfortran.so.3 /usr/lib/libgfortran.so 在linux环境编译应用程式或lib的source code时常常会出现如下的错误讯息： /usr/bin/ld: cannot find -lxxx 这些讯息会随着编译不同类型的source […] To install this package, start R and enter: source(“http://bioconductor.org/biocLite.R”) biocLite(“mcaGUI”) Note: R version >= 2.13 …………………….. g++ -shared -L/usr/local/lib64 -o ShortRead.so Biostrings_stubs.o IRanges_stubs.o R_init_ShortRead.o alphabet.o io.o io_bowtie.o io_soap.o pileup.o readBfaToc.o read_maq_map.o sampler.o util.o xsnap.o -lz 安装至 /home/shenzy/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/R-2.13.1/library/ShortRead/libs ** R ** inst ** preparing package for lazy loading Attaching package: ‘IRanges’ The following object(s) are masked […] |
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